每年棉花播种育苗期间，常遇到有些农民拿着已购的棉种包装袋，找销售棉种的经销商扯皮，他们说，为什么同期播种的棉花品种，有的出苗、有的不出苗、有的成苗率高、有的成苗率低？要求对不出苗的棉种和出苗率低的棉种进行赔偿，棉种经销商们也为此大伤脑筋。采用营养钵保温育苗的棉种，也有因出苗虽好但死苗较多闹矛盾。究其原因，不外乎是自然灾害与人为灾害造成的。
据多年观察记载，棉种播种到出苗的活动积温需要80℃~100℃，棉种发芽需要吸收棉种重量60%~75%的水分。而在大田棉花生产实践中，有些地方在营养钵保温育苗时，将播种期提早到3月中下旬，苗床上浇水也不足，由于积温不足和水分不足，常使棉花出苗推迟，或者出苗不整齐，或者出现死苗，低温是主要制约因素，盲目早播则是人为造成的。同时，不同棉花品种对积温与水分的要求不一样，对温度和水分要求不太敏感的则可早些出苗，对温度和水分要求高的出苗时间相对要迟，因此，不能用出苗较早的品种轻易地否定出苗较迟的品种。农民朋友也不能因品种出苗较迟而进行索赔。正确的播种期应掌握在大气温度稳定通过16℃之后，此时一般在4月中旬。播种时浇水应让棉种吸足体重70%以上的水分，即浇到苗床对水分缓慢渗透为止。
在苗床上棉苗容易发生的灾害一般有病害、虫害、药害、肥害、冻害、渍害及高温灼伤等。
病害立枯病、炭疽病、猝倒病，易造成棉苗成片死苗。尽管现在大多采用的是包衣棉种，也作了消毒处理，但土壤内的病菌常传播病害，必须在苗床播种前后对营养钵土和覆盖细土进行消毒处理，预防土传病害入侵。一可用2．5%适乐时种衣剂10毫升兑水5公斤，浇10平方米的苗床，或用10毫升兑水10公斤在苗期喷雾；二可用恶霉灵30%水剂1000~1500倍液在苗期喷雾或灌根；三用多菌灵或甲基托布津喷雾；四可用嘉斯顿棉花专用土壤消毒肥拌土制营养钵，每亩5公斤加1~1．5公斤多元复合肥。
虫害主要是地老虎、蚜虫。蚜虫很易防治，对地老虎等地下害虫，一可用地特灵颗粒剂400~600克，拌土做钵2500~3000个；二可用卡本斯40%乳油1000倍液于苗期喷雾。
药害一是选用的药剂不对路，二是用药浓度过大或同一时间重复用药，都会使棉苗叶片灼伤焦枯，有的甚至枯死，这就要求要选择对路农药品种，按照剂量用药。
肥害一是底肥施用量过大易造成肥害，二是追肥施用量过大也会造成肥害。肥害轻的，子叶和新生叶叶缘像开水烫伤状，严重的心叶枯死。对于药害、肥害除在苗床加大喷水量减轻药液、肥液浓度外，喷施800~1000倍的惠满丰活性液肥能很好地缓解药害肥害，使棉苗尽快地恢复生长。
冻害一是用塑料微膜、旧膜保温性能差；二是低温时揭膜频繁；三是过早揭了膜。冻害最明显的表现就是新生叶片似蚜虫为害状皱缩，难以展开，影响光合作用。为了保温保全苗，一要选用完好厚膜；二要做到苗不出齐不轻易揭膜；三要坚持苗不移栽，膜不离床。
渍害渍害常使幼根变黑，应在苗床四周开好排水沟，明水能排，暗水能滤，促进根发。
高温灼伤高温伤苗，就是当天气平均温度超过23℃时，膜内温度达45℃以上，极易灼伤棉苗，甚至导致棉苗枯死。因此，当昼夜平均温度超过19℃时，应日夜揭膜露苗。
