现在，越来越多的菜农认识到了粪肥的好处，也都知道粪肥需经发酵沤制，才能杀灭其中的寄生虫和病原菌，使其更利于蔬菜吸收。但是，现在很多菜农对于粪肥腐熟认识不够，他们只是将粪肥放入棚前的粪坑中，让其自然发酵。这种方式的发酵显然是不可取的，那粪肥发酵要注意些什么呢？
首先，保证粪坑上封下浅。上封，即上部用薄膜封闭，不要露天。露天发酵沤制，其中的氮损失很大，有时损失达70%以上，肥堆以膜盖严，损失就明显减小，相对保持了较好的肥力，所以要保持上封，如发酵剂发酵时最好用透气性的草帘进行覆盖，便于透气。下浅，是说粪坑下挖的深度宜浅，沤制肥时，有不少菜农把购买的鸡粪等倒入深坑中，坑深温度低，透气性差，不利于发酵。有的半年后，下边的粪颜色仍然未变，起不到腐熟作用。所以，粪坑不宜过深，以免影响腐熟。
其次，及时掺入添加剂。优质的粪肥如果混加草和土一起沤制，既能起到“以土保氮”作用，也能增加肥中的有机质，还增加了肥的数量，加快了肥料腐熟速度。另外，在粪肥沤制前，为了改变菜地中缺乏中微量元素（如锌、硼等）的情况，可按每亩用硫酸锌2-3公斤、硼砂1公斤的量，预先混在肥中一起沤制发酵，这样能有效提高粪肥的养分含量，使养分更全。
再次，适时应用生物制剂。使用发酵剂如一型肥料发酵剂加速有机肥沤制发酵，使粪肥腐熟时间缩短，这在急于用肥的情况下很适用，能把腐熟发酵时间缩短到几天。当然，对于其它有机肥进行处理时，也可广泛应用这些生物制剂，以防肥料不腐熟对植株根系造成损伤。
