配制盆土的材料常含有对植物有害的病菌及虫卵，因此盆土配制后必须消毒方可使用。盆土消毒的方法主要有蒸汽消毒和药剂消毒两种。
1、蒸汽消毒
把土放入蒸笼或高压锅内蒸，加热到60～100摄氏度，持续30～60分钟（加热时间不宜太长，以免杀死能分解肥料的有益微生物，影响土壤肥效），可杀灭大部分细菌、真菌、线虫和昆虫，并使大部分杂草种子丧失活力。这种消毒方法比较严格，适合花卉扦插、播种等繁殖时使用。
用钢管或胶管将锅炉中蒸汽导入一装有盆土的密闭容器中，以100—200℃的蒸汽消毒1小时，少量盆土也可在高压灭菌锅中消毒15—20分钟。
2、药剂消毒
常用福尔马林（40%甲醛），每立方米土壤用400—500ml福尔马林液搅拌均匀，再用塑料薄膜覆盖，封闭2—4小时，然后摊开，通风3—4天，待福尔马林挥发后即可使用。
（1）、使用高锰酸钾500倍液以上溶剂消毒
缺点是高锰酸钾这东西不太好买属于国家管制用化学药剂，不过有些花鸟鱼市可以买到。将买来的高锰酸钾颗粒状称取相应的重量（每次几克即可，一般 2~3克就行），放到500倍的水中，充分混合后观看溶液颜色，保持淡紫色即可，千万不要太浓！然后将配置好的土壤放置在高锰酸钾溶液中，一般浸泡三五个小时左右就可以了，最后倒掉土壤里的高锰酸钾溶液，然后将土放到太阳下晾干即可。
（2）、使用多菌灵药剂
把土壤过筛后，一层土壤喷洒化学药剂，再加一层土壤，然后再喷洒一次药剂，最后用塑料薄膜覆盖，密封5～7天，然后敞开换气3～5天即可使用。
夏天虫子特别多，许多养花人从小区花坛挖来的泥、在市场上买来的没经过消毒的土，是最容易滋生蚊虫的温床。为了家庭的卫生和植物的健康，不妨把土壤拿回家后应该经过消毒，再把植物种上。其它消毒方法：
1、日光消毒法
晒太阳！这是最经济环保的方法。当然缺点就是时间较长，如果你的阳台没有很大空间的话，晒土也会比较麻烦。一般要将土壤摊平，然后放到阳光下暴晒，大约晒五到七天左右为宜，时间最好在夏季。期间将土壤聚集起来然后重新摊平，原则就是尽量让土壤都充分受到紫外线的照射。这种方法消毒虽然不够彻底，但是简单易行，可以杀死大量病菌孢子、菌丝和虫卵、害虫、线虫。如果有小蜈蚣，蜗牛等大虫子最好用手清除掉。
2、窒息消毒法
把土都放在袋子中，密封好，不要留上一个气孔，如果不放心的话，可以再套上一个袋子，闷上24小时以上。基本上除了虫卵，大多数体型较大的虫子由于缺少空气而很难生存。
3、水煮消毒法
把土倒入锅内，加水煮开30～60分钟，然后滤干水分，晾干到适中湿度即可。
4、火烧消毒法
保护地苗床或扦插、播种用的少量土壤，可放入铁锅或铁板上加火烧灼，待土粒变干后再烧0.5～1小时，可将土中的病虫彻底消灭干净。
