花烟草种子粒径较小，每克约8000粒，现在国内生产商一般采用丸粒化种子。育苗基质应选保湿效果好、透气性好的进口草炭为宜，ph值为5.5～5.8，播种前要求基质湿度饱和。育苗依苗期生长表现分为4个阶段：
第一阶段胚根萌发阶段，时间从播种后至根长0.6cm，子叶开始生长。土壤温度保持24℃～26℃，保持基质中等湿润，即湿度均匀一致但不饱和，此阶段的任何时候都不允许干燥。种子播后不能覆土，1100～4300lux的光照有助于花烟草种子的萌发，使用大规格穴盘有利于根系的发育，较好条件下3～5天幼根出现。在这一阶段结束后，胚根已经伸长，根系正在形成。
第二阶段茎和子叶长出，时间从第一阶段结束到根长1.2～1.4cm，子叶长出。土壤温度降低，保持20℃～24℃，光照调至5400～13000lux。子叶一旦展开每周即可施用50～75ppm的14-0-14缓释肥，幼苗根系穿透基质后可让土壤见干见湿，但避免干燥，否则幼苗将停止生长。这一阶段一般持续7～10天。
第三阶段根系深入穴盘，达2.5cm，出现2～3片真叶。这一阶段的重点应放在浇水和施肥管理上，使花烟草产生发达的根系。每24小时进行一次干湿循环周期，增加施肥的浓度，一般一周施用一次100～150ppm氮肥，肥料可采用20-10-20和14-0-14交替使用。土壤温度可逐渐降低，保持18℃～21℃即可，此阶段光照保持在13000～16000lux，可采用b9控制株型。这一阶段在200穴的穴盘中一般持续4～6周。
第四阶段这一阶段后期，发达的根系占据整个穴孔，花茎应有3～4片叶子。此阶段的重点还在于浇水和施肥管理。土壤温度必须保持16℃～17℃，光照可上升至16000～38000lux。施肥同第三阶段，但此阶段后期上盆前7～10天需减少浇水与施肥，以适当炼苗。
烟叶育苗工作是烟叶生产、收购工作能够进行良好开展的第一个基本前提，烟苗质量的好坏直接影响着烟叶整体工作的全面推进。在烟叶育苗过程中始终要以培育无病、高茎壮苗为目标，坚持“预防为主，综合防治”的植保方针，以温、湿、气、肥为核心，根据当地当日气候的变化情况，合理适时地调整最适宜烟苗生长的棚内环境，并针对可能出现的各种问题提前做好各项预防工作和准备措施。
一、防“低温高湿”
有不少烟区去冬今春的自然气候相对常年来说有些反常，低温比较突出，这些对烟叶育苗工作来说有不小的影响。尤其是在刚播种的时候，气温过低但湿度不小，对烟籽出苗非常不利，如若管理不善可能导致根本就不会出苗。所以在育苗前期一定要防范低温高湿，采取有效措施保证棚内湿度在合理范围之内，确保烟籽能够正常出苗、烟苗能够正常生长。
二、防“高温高湿”
育苗大棚内自始自终都要杜绝高温高湿情况的出现，这也是育苗技术中比较常规的基本要求措施，也有相应的技术要求，所以我们一定要严格按照烟叶育苗的技术规程要求，根据气候变化情况，通过棚膜的揭、盖或其它措施进行适当的调控，始终保持棚内温、湿度处于正常值范围，严防高温高湿导致烧苗等现象的出现。尤其是在育苗的后期，一旦发生情况将无法弥补，即使这项常规技术已经相当成熟，也不能掉以轻心。
三、防“棚膜老化”
漂浮育苗工作已经大面积推广几年的时间了，即使是集约化漂浮育苗也开展两三年了，那么我们的无滴膜也相应的使用了这么几年，育苗大棚的棚膜经过几年的时间都出现了一定程度的老化，现在继续使用的话未必还能起到当初那“无滴”的效果。在播种后，棚膜上的水滴滴到育苗穴内可能会导致缺苗现象的出现，购买烟苗肯定不是太愿意；烟叶出苗后，尤其是管理的中后期，外界温度较高，棚膜上的水滴温度也随之升高，再滴到烟苗上就会影响烟苗的正常生长。所以在日常管理中要密切注意棚膜上的水滴情况，情况特别严重时一定要及时更换。
四、防“病虫草害”
病虫草害对烟苗来说是十分不利的，所以一定要高度重视病虫草害预防工作，要制定严格的育苗卫生操作管理制度，增强卫生操作意识，对育苗操作的各个环节严格消毒，避免烟苗间接或直接感病，并及时清理修剪后的烟苗残体；要统一配置诱虫板、温湿度计和防虫网；要经常通风排湿，加强光照，减少发病条件，发生病情要及时按标准用药。对待病虫草害，一定要舍得花小钱进行提早预防，因为那样可以办大事情，否则将会带来严重的损失。
为了减少病虫草害的传播途径，有条件的地方可以引进自动播种器、轨道式剪叶机、便携式电动剪叶器等先进设备来满足工场化育苗的需要，条件差一些的地区可以引进一些相对简易的工具，因为这些工具的使用还可以大大地减轻育苗专业户的劳动强度、降低成本投入。
五、防“管理滞后”
烟叶育苗工作的关键还是管理人员的管理工作要到位。比如在育苗前要统一对育苗场地、育苗设施、操作过程等进行规范消毒；在烟苗出齐后要加强养分管理，要按照标准浓度多点、多次进行添加；整个育苗过程中还要严格控制棚内的温湿度，最后还要根据适宜的移栽期决定剪叶的轻重，做好3―5次剪叶工作，确保无病高茎壮苗。要完善配套设施和操作管理制度。比如要设置操作区、消毒池、卫生坑、围护栏、卫生消毒标识和禁止吸烟警示牌等功能设施和标识，严禁无关人员进入育苗场地。
所以说，我们的管理目标不是在发现了问题之后再想办法去弥补，而是要以预防为主，我们要把前期的所有可能性准备工作都做好，而那种滞后的管理只会给我们的工作带来被动以及经济损失，尤其是在掌握的技术不够成熟的时候，千万不要马虎大意。当然，我们可以要求技术人员对育苗过程中的水肥管理、温湿度管理、病虫害防治、剪叶操作等进行详细记录，也可以在操作过程中开动脑筋想办法对有难度或麻烦的操作进行有效的改进，让我们的管理更加到位、有效。
六、防“过度观检”
各地的烟叶生产工作基本上就是从烟叶育苗工作开始拉开序幕，况且在推进现代烟草农业建设中，集约化专业化育苗又是很受重视的事情，同时又和面积落实工作有着千丝万缕的联系，所以育苗工作肯定受到上级公司和当地政府的重视，各种参观和检查也会接踵而至。虽然我们不能控制这些，但是此时我们一定要严格按照育苗基地的管理制度去进行操作，确保不因参观和检查工作而导致烟叶育苗的管理不到位甚至出现病虫害的普遍现象。其实，技术人员经常性的技术指导也能很好的把握育苗的具体情况。要知道适度的减少参观和检查还能够不耽误管理人员的日常管理工作，有效地节省专业户的用工投入和成本控制。
七、防“无水育苗”
烟籽不能间歇性受旱，要细查干穴现象，避免出现烟籽不萌发。烟叶出苗后，漂浮育苗的重点就是要保证烟苗生长前期的水分供应要充足，但是现在通用的薄膜和水盘都有的一定的局限性。薄膜容易破烂，导致一池苗得不到水分供应，从而严重影响其生长；而水盘装盘少也宜破烂导致漏水，加水又非常不方便，工作量相对加大。所以在日常管理中一定要加强对水的监控，确保不出现无水现象，发现情况要及时采取补救措施。有条件的地方也可以用水泥建造牢固的育苗池以避免上述情况的发生，也可适当地减少用工的投入。
八、防“施肥不当”
对于专业化育苗来说，施肥是比较麻烦的一道工序，我们不仅需要进行精确的计算，还要逐池逐池的进行，同时我们还要严格按照烟苗的生长周期进行。比如针对烟苗小十字期出现第一个需肥临界期，要及时进行第二次施肥，并且要防止水位过浅，温度高烧苗或出现盐害等情况。对一些初次进行商品化育苗的专业户，在区域内的技术员指导下，可以适当减少施肥量，然后多进行几次操作，以保证育苗的一次性成功。
九、防“过分护苗”
烟苗对生长环境的要求还是比较高的，但是过分爱护的烟苗未必能适应自然环境，所以在移栽前要采取剪叶、断水、断根等方式进行炼苗，而且一定要保证炼苗的效果，千万不能出现为了赶移栽进度或者害怕把苗炼坏了而导致炼苗不到位或者根本不进行炼苗，其实这样只会导致烟苗在大田返苗缓慢进而影响生长。当然过度的炼苗可能损伤烟苗甚至直接导致烟苗不能存活，这就是需要把握好“度”的问题。
十、防“品种混杂”
这是一项工作量和难度都比较大但又不得不做的工作，控制好了对我们今后的工作非常有利，控制不好可能会影响烟农的经济收入甚至是某一烟叶的声誉，所以一定要想尽一切办法杜绝杂劣品种并不断优化品种结构以突出自己的烟叶特色和风格。
