山石盆景的石山制作完毕以后，还要着手种植一些草木，嵌上一些苔藓和配置一些人物，小鸟、亭台、房屋、小桥、小船等，用以点缀，使石山变幻无穷，生动活泼，富于诗情画意。
配种植物和配置小景，不但要符合山石和草木的比例，还要注意色彩的和谐，不能任意安放，而要有选择、有计划地分布。在山石的缝隙、阴暗面和山脚的地方栽植一些常绿的小草木、青苔、以及配置必要的人生、舟楫、桥梁、亭、榭等，以丰富山水盆景的内容，增添生活气息，使内容和形式达到调和统一。
造型布局中要有目的地安排种植区域。种植是完成作品的最后手段，也就是说种植可以完美造型、丰富内容。
山水盆景是为了体现大自然山川秀美的情趣。吸引人们的山水盆景除了它造型的生动，还在于植物配置的艺术美。两者配合相映生晖。如果山水盆景（除了微、小型盆景极少种植）在“山”上无植物生长，就会显示“山”的“枯、荒、秃、贫”。中国画论曰“山藉树而为衣、树藉山而为骨”，“山以草木为毛发”，所以山上必须栽上植物才显示出生机，变得有生气。
山水盆景的植物越小、越苍劲才能显示出山的高低、大小、年久等对比关系。
由于山水盆景的特殊性，种植不能拘泥于“丈山尺树寸马分人”的比例，不然难以寻觅到苍劲古老体小的树桩材料。
造型布局中的某些不足可用种植去弥补，去缓和，种植不可遮盖精彩部位、冲淡主题。种植不可繁，点到即止。要见山之精神。种植可比喻性格、加强主题、丰富色彩、增添季节之美，如春山嫩绿，夏山浓荫、秋山红叶、冬山枯茬。
1、种植要求
山水盆景需要种植，石身成为树木长期在上生长的基本环境条件，因此，在石身上尽可能拓展树穴，在不影响山水造型美观与结构强度的情况下尽可能扩展好容积。
种植物的选择、姿态要附合山石造型特点，并注意树木的粗细、高矮、大小、苍润，枝叶的疏密、叶形、色彩等，全要考虑周到。种植时的姿势角度、偃仰之别、丛贯孤平、扶疏曲直、耸拔凌亭、露藏变化等设计慎密。
每植一树还要符合自然规律及合乎主题要求，如悬崖峭壁上宜植下垂倒挂式树。脚坡处宜种树干较直之树，因为土壤易堆积相聚。土厚处树木选发育好者，半山乱石中树选拳曲伶仃者，古塔宝刹多枯梢焦枝，人家屋居处多绿荫围抱，成林处直干居多，临水处斜飘为宜。植物以少胜多，露藏结合，显示出山的秀丽多姿。海母石含碱性宜栽柽柳、金雀等耐碱植物。室外山石种植抗性强、耐寒、喜阳品种。室内不宜长期放置有植物的山水盆景，可选择耐阴品种为好。即使同一盆作品中种植时考虑上部种耐旱树种，山脚处植抗湿性强的植物。
2、种植方法
选在深秋植物开始休眠期至初春植物萌动前种植，也可在梅季空气湿度大的季节种植。只要各项技术措施跟得上，全年均可在山石上栽植植物。
操作要求：夏季选通风、荫凉处，冬季选背风、保暖、有日照环境下（有取暖条件更好），将盆内已成型的树桩脱盆，视种植穴的大小削除根窠泥土，必要时可将根部泥土全部抖除，舒展自然地把根部放入穴内，校正姿势角度，将细土仔细均匀地充填到根的空隙中，适度压紧，穴面铺上鲜苔（干苔也可以），浇足水分放遮荫处养护。
对种植口小腹大的种植穴，先把根泥全部抖除，然后用细铁丝拼捏绕拢、慢慢投入穴内，松除铁丝，松开根须，投土种好，浇水养护。
也可用棕片包好树桩，挂缚在种植穴上，可保多年不坏，修复时同样更换种好。
在山石上植花木，要选择根系发达、易活的矮生苗木，以叶子细小的为好。苗木大小要与山石比例协调。山石的花木栽植不宜过密，青苔只能长在低凹处，凸出的岩石上的青苔应当铲除。这样才能突出山石险峻，反映自然景色。
山水盆景的花木须与山石融为一体。山顶上的树宜矮小结顶且枝干虬曲；山背种树要通直露顶；山坡植树忌通直无姿；悬岩峭壁处植树，最宜苍老虬曲，并要有一定的耐旱力。山脚水边植树，要选择湿生树种。这样种植既符合自然植被分布，也容易管理。
植物的栽种方法：如果是松质石料，在石料加工时可保留出栽种植物的洞穴，洞穴尽量在山石侧面或背面，口子要小，里面要大，这样存土易，有利于植物生长。若是硬质石料，则在胶合石料时做出洞穴。洞穴以能直达底部为最好，因为便于汲水。如不能直达底部，就必须在洞穴底部为下出水口，这样洞穴里便可栽种植物。有的没有条件做出洞穴的，可用棕皮将植物根部带泥包好，扎缚在山石背面，使植物从石侧伸出来。种植在山石上的植物多可自行汲水，不一定再从上面浇水了；如果汲水有困难，必须注意经常浇水，以防干枯。另外山石盆景中的植物必须配置一恰当，才能收到好的效果。
