盆栽金柑与园栽金柑在栽培方法上有较大的区别，修剪方法也有其自身的特点。其基本修剪方法也采用短截、抹芽和疏剪等。短截是为了解决其自然生长而形成的主枝不明、骨架软弱、树冠杂乱等问题。
盆栽金柑叶片寿命只有1～1.5年，比园栽金柑叶片寿命1.5～3年为短，短截可不断促发新梢，保持一定数量的新叶，以免老枝内膛空虚。新梢先端抽发的枝条多而密集，短截先端密集枝，可使枝梢健壮，树冠紧凑圆整，不易出现枝条下垂。
通过对弱树、弱枝重短截和强树、强枝轻剪，“抑强扶弱”，可以调整树势。通过短截（剪）留芽定向、定位培养枝梢，起补空填缺的作用。
短截的程度分重短截和轻短截两种。春季萌芽前的短截，可培养骨架枝和促使抽发较强的枝梢。有时为了培养健壮的主枝，可重剪到上年或前年的枝上。剪顶轻短截只将枝梢顶部剪去数节，主要用于对当年新梢的促壮等。
抹芽要尽早进行，若已抽梢且枝条长得过长，则应注意保护基部的复芽，以免影响萌发。
疏剪用于疏删密枝；剪除枯枝、病枝，使树冠枝梢分布合理、均匀，疏剪也用于对徒长枝的处理，以均衡树势。
修剪是使金桔花繁果硕的一项重要技术措施。为使树形优美，多结果，每年树液开始流动之前，春芽尚未萌发时进行一次重修剪，剪去枯枝、病虫枝、过密枝和徒长枝，保留3~4个头年生的健壮的、分布匀称的枝条，每个枝条只留基部2~3个芽，其余的剪掉。这样就可以萌发10余枝充实的春稍。
当新稍长到15~20厘米时进行摘心，使株形丰满，此时施一次速效性磷肥，促使花芽分化。开花时应适当疏花，节省养分。着生幼果后，当幼果长到约1厘米大小时，可进行疏果，粗壮枝条每株留2~3个果，弱枝每枝保留一个果，并使全株果实均匀。及时剪除秋稍，不使二次结果，以利果形大小、成熟程度一致，提高观赏价值。
