生理病又名非生物性病害，是指植物本身由于病原以外的因子酿成正常生理代谢功能失调。而酿成生理障碍的起因，可能是由于内在因子诸如矿物元素缺乏、组织老化，或由于环境因子如温度、光度、异常气体组成等。
一、叶烧病
典型的叶烧症状为在叶子尖端边缘产生半圆形坏疽，有时也体现为在叶子边缘产生萎黄或坏疽或于未展开或展开之幼叶个别位置形成黄绿斑点，有时也有白色斑点。
在亚洲型杂交百合顶叶上常可见环状白化之病征；在东方型杂交百合上则叶子末展开之际即已受害，可见叶子中央缢缩，病征由白化斑至褐化斑。若叶烧轻微，作物仍可成长，若严重到白化斑变为褐斑，该处叶子会卷曲，更严重时全部的叶子及幼嫩花苞均会受损，植物即停止成长。
由于从叶烧的叶子上分离不出病原菌，一般认为可能与氟化物的污染及低pH值有关，认为防止施用具有氟化物污染源如过磷酸肥料、抑制pH达6.0-7.0时则可防止叶烧出现。
一般而言，当氮肥过量、水分过高、根系成长不良、土壤含盐量高及植株茎叶成长超过根系发育时，叶烧出现率加强，且大球比小球更易产生叶烧病征。
预防叶烧的对策有：
1、不要选用敏感的品系，若不能防止时不要选用更敏感的大球。
2、于栽培前湿润土壤，选择具良好根系之种球并给予深植。
3、艳阳天应采取遮荫或洒水来陶氏蒸发作用，并在敏感度加强的期间作好水分抑制，避免温室温度及空气湿度较大的扩散，尽量维持相对湿度在75%左右。
4、迅速的成长应尽量防止。对敏感的亚洲型百合杂交种而言，在前四星期，温室的温度需维持在10-12摄氏度，对东方型百合杂交种而言，前六星期，温室的温度须维持在15摄氏度。
5、堤防施肥尤其防止含有氟化物的污染，调节pH值及EC值使pH达6以上。
6、会损害根部的病虫害应给予有用的抑制。
二、盲芽、消蕾、落蕾
导致盲芽、消蕾、落蕾之起因，重要和品系、种球预措及种植温度、光度有关。一般而言，强制休眠冷藏球贮存愈久，将来栽培後出现盲芽、消蕾、落蕾的机率愈增高。
就亚洲型百合而言，若于长期贮藏或延长贮运时期温度未抑制良好，酿成栽培前抽茎花芽分化，且于栽培前短缩茎伸露出鳞茎数公分以上，或延后订植，便会导致盲芽、落蕾及节间伸长受阻等问题。而在花芽分化早期遇到高温（25摄氏度以上），不但花朵数减少，亦容易出现盲芽或消蕾征象，尤其亚洲型百合大个别品类上限温度为28摄氏度，在30摄氏度则落蕾严重，30摄氏度以上高温则会盲芽。铁炮百合亦同，在30摄氏度以上高温种植，花蕾在3毫米左右时停止发育而酿成发育不良个体。
一般而言，在花芽分化早期遇到低温影响尚小，一旦露蕾而尚未完全发育时，遇到低温则易形成消蕾或落蕾的征象。对铁炮百合而言约1厘米以下的花蕾遇8摄氏度之夜温，20日后即产生消蕾；花蕾2厘米时遇9摄氏度左右之低温则花蕾发育不良且异常花出现增多；而6厘米以上之花蕾即使坚持昼温13摄氏度，夜温0摄氏度，40日后亦不出现异常征象，也就是说发蕾后到花蕾达6厘米之前，如果遭受低温容易产生异常花，因此，此期间之温度管理尤为主要。
因此，为避免花芽分化与发育失利，应防止种球过度强制）令藏，萌芽鳞茎栽培时勿超过3厘米。在种植期尽量坚持在日温25摄氏度以下，夜温15摄氏度，防止25摄氏度以上的高温及强光。对高温敏感亚洲型品系，夏天栽培需有降温设施，如蒸发）令却系统与遮荫，以控温在28摄氏度以下，可有用减少落蕾率。至於乙烯气体的污染，包括因逆境时酿成乙烯过多生成而导致落蕾，可施用乙烯控制剂以消减落蕾问题（Mason，1991），另亦可从育种着手，选育抗耐逆境品系。
三、日烧
日烧即指被日光灼伤的征象。一般形成在叶子、花苞上，在露水或灌溉水未干之际，于日光强烈照射下酿成植物组织之细胞因高温而坏死。症状显于叶子组织常为于向阳面产生匀称之白化征象，于花苞则为于向阳面产生褐化之灼伤痕迹。预防措施为搭设遮荫网。勿在强日照下进行喷灌。
四、微量元素缺乏
如果栽种土壤理化性质不好，百合容易出现营养物质失衡的征象，尤其以东方型杂交百合最为敏感。一般缺铁、锰、锌酿成植株顶端幼叶呈黄白块斑点，尤其缺铁会酿成百合叶脉间的叶肉组织展现黄绿色，缺铁症愈严重植株黄化征象愈严重。
而缺硼的征象则体现在植株的茎部，初期由外观上很难加以辨别，一般均是在植株茎部中段之叶子展现失水黄化状才惊觉有异，剖开植株茎部可发现中央之维管已呈褐化征象，输导组织无法输送水分，引起叶子黄化。
在含钙充沛之土壤、酸硷值高之石灰质土壤、排水不良或泥泞之土壤均易形成缺乏铁、锰、锌。缺硼之症状，则重要形成在土壤干湿变化过剧之地区。
重要防治和治疗办法为：
1、调解pH值，使用叶面施肥补充，缺铁的百合可施用易吸取之铁螫合剂或用含铁的肥料喷洒植株，随後用水洗）争植株。
2、 保证土壤的排水系统良好，属低pH值。
3、铁螫合剂的用量需考虑土壤的pH值及施用的时间。铁螫合剂若是属於与有机化合物EDDHA结合的，在土壤pH值为12时（全部土壤）仍可利用且可持续应用到种植最後期。若是与有机化台物DTPA结合的铁螫合剂仅限于土壤pH值±7时利用，且必需在花芽可见时停止利用。过多的Fe～DTPA会引起叶子出现黑色斑点。
4、在施用于新品系前，需测试作物对铁螫合剂的反应。
缺氮症会使全株叶子的颜色变淡，尤其是下位叶的黄化与老化，在花序正迅速张开时尤其容易产生。一般缺氮的植株外表较为细长，如果土壤中含氮量低时，则植株的茎较轻，花苞数较少，叶子在瓶插时较快变黄。因此可施用缓效性高氮肥如甲醛尿素，加入额外氮肥，以坚持叶子健康。虽然施用氮肥能够减少叶子老化，但在叶子氮素含量与下位叶老化之间却未发现有显著的相关性。
防治和治疗缺氮症的办法为经常施用足量的氮，并需以土壤样品测试结果为依据，一旦缺乏症状发生，可多施一次速效性氮肥，唯施用时需小心叶烧症的形成，且 保证彻底的清洗植株。
六、肥害、盐害
一般而言，百合对盐分相当敏感，幼嫩的上层根刚长出时，若周围土壤含有高量之盐分或肥料，很容易酿成根尖受伤，进而影响植株对水分和矿物元素的吸取效率，不但容易酿成病原菌的侵入侵害，酿成根系之靡烂，以致地上部形成失水和黄化萎凋之病征，甚至导致消蕾、落蕾征象酿成损失。其它，叶面施肥时肥料用量不妥亦可酿成叶部或茎部受伤，一般较常出现者为喷施含铁化合物所酿成之酸害，被害位置展现局部黑褐化，严重时酿成茎部成长不良或畸形。
预防之措施为慎选肥料、养份液之种类，并谨慎考虑用量及施用期间。
七、药害
由于一般栽植百合常应用部分化学药剂如杀菌剂、杀虫剂、杀草剂或成长调节剂来维护植株的健康，一旦利用不妥非但无法达到预期之成效，反而酿成植株之损害。判别是否为利用化学药剂不妥所衍生出来之药害问题，其重要原则为植株之受害位置一致为一次损伤，通过一段时间後植株可正常成长及损害症状在喷施药剂之後显著出现。
药害所展现之病征大致为植物体局部受害，如叶缘或花苞焦枯、叶子黄化、叶子变色、茎部及花苞畸形或褐变等。预防之措施为正确应用农药，不任意混和施用，不任意提升浓度，慎选喷药之时机及认清利用对象。
八、干旱及排水不良
当植株叶子成长显示下垂、松软无力状时，即表示植株遇到干旱，此时即时的给水能够挽救这个情况。改善办法为覆盖或混入一些具有保湿力的腐植质於土壤中，以加强保水力避免过分乾燥。在栽种过程中，排水不良是不容许出现的，一旦出现则叶子会形成褐化条斑，甚至缩皱枯萎。因此在种植地整区装设恰当排水系统是必要的，如果只是小区域的问题，则可加入一些粗砂於土壤中以改善之。在种植过程应尽量防止在植株下发生水坑，以免因排水不良而酿成损伤。
九、空中结球
鳞茎订植后抽茎露土，在差别高度其顶芽叶子尽管展开，但没有节间伸长，成簇生状，同时叶身光合作用产物蓄存于叶基膨大呈鳞片状，有如鳞茎，此谓之空中结球。一旦空中结球则无法开花而失去种植价值。
酿成空中结球重要 因素，其一为品系特点，如亚洲百合有些品系容易产生此异常结球，铁炮型百合品系间亦有容易在较高节位处形成空中结球者。其二为种球低温处理未饱合，栽培时遇太高土温而逆春化，或抽茎后逢高气温条件。为预防空中结球出现，宜选用对低温需求低之品系，种球前处理给予饱合春化效应，栽培时维持低于20摄氏度之冷凉土温，气温则宜低于逆春化上限。
十、生理性种球贮运靡烂
有的时候，铁炮百合种球会在收获後开始形成劣变，且此征象常在船运後目口刻出现，会在鳞片上发生严重的褐化靡烂及侵蚀斑，甚至更进一步败坏而酿成细菌侵害。酿成这类生理障碍的 因素尚不明，但是种球早期采收（即种球可能在生理上尚未成熟），或在采收及处理时的损伤，都会容易促成微生物的入侵。防治和治疗之法为生产者需延迟种球的采收时间，以防止采收未成熟的种球，并在装箱前作好种球之乾燥及冷凉处理，以免种球因旺盛呼吸而累积热，酿成利于靡烂微生物生存的有利环境。
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