由于茬口安排，百合的采收期与播种期时间不一致，需留种的百合采挖后要保存30天～50天，方能播种。为防止百合贮藏过程中受病虫危害、霉烂变质，因此留种百合贮藏应把握以下几个要点：
一是在处暑前后（8月份）选晴天采收。
二是用来贮藏留种的百合一定要充分成熟，含水量低，无病无虫，没有损伤。捡球装筐时要去掉茎秆，除净泥土，剪去须根，轻拿轻放，分级装筐，并及时遮光，运回室内，防止在田间日晒，以免外层鳞片变红和干燥，品质变劣，影响发芽率。
三是选择母鳞茎肥大、整齐度一致、色泽洁白、抱合紧密、根系健壮、顶平而圆、苞口完好、无病无虫伤、无异味、无烂片、下根多且粗壮、分囊清楚（每个种球具有三四个子鳞茎）的种球作种，无根种球不宜留作种用。
四是对种球进行药剂处理。用500倍液的百菌清和1500倍液的三氯杀螨醇乳油浸种20分钟～30分钟，待晾干后即可保存。贮藏地点掌握“干燥、通气、荫蔽、遮光”的原则。选择一间空旷房间，用0.3%的甲醛和高锰酸钾熏蒸1次。切勿将种球放在水泥地面上。
五是采取堆藏法，在地上铺一层7厘米厚的清洁壤土（手捏成团，手松落地即散）或干细河沙，一般可堆三四层，第一层根朝下，排列整齐，再盖一层厚约4厘米的土或沙，上面再放一层百合，根系朝上，再盖一层土或沙，以此类推，盖土或沙厚度以不露百合为宜，四周用土或沙封严，可贮藏到翌年春天。在百合贮藏过程中，在贮藏室挂置干湿温度计，控温控湿，改善通风条件。每隔20天～30天检查1次，不宜过多翻动，如发现坏死腐烂的百合种球，应及时清除。
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