丝瓜的采种，可结合生产田进行。但必需严格进行品类间的隔离，要求差别的丝瓜品系间相距1000米以上。最好用精选的丝瓜原种专门设繁种田进行采种。丝瓜留种以根瓜和第二条瓜为好，根瓜结果早，成长发育时间长，种子饱满，种子质量好。留种时，选成长健壮，无病虫害，茎、叶、花、果等性状具有本品系典型特点的植株，对其第一朵或第二朵雌花进行人工辅助授粉。授粉后，对授粉的雌花要作标记。但对于瓜条细长的长丝瓜品系，由于根瓜留种易出现种瓜着地而烂瓜等征象，此类品系的种瓜应留在较高的部位(刚上棚处结的瓜)。采收成熟的种瓜时，还应结合本品类的特点，对种瓜再进行一次选择和舍弃。即要选择果型具有本品系特性的，瓜条粗正、瓜柄肥大、瓜条成长发育快、无病虫害的瓜作种瓜。在种瓜发育过程中忌湿度过大，如果间断阴雨或果实接触潮湿的土壤，容易侵染绵腐病。
当瓜皮硬化、皮色变枯黄时，表明种瓜已充分成熟，即可采收。一般开花至生理成熟需40天左右。种瓜采收后，可在瓜的顶部打几个小孔，或切除项尖部，挂在通风良好的地方，使瓜内的水分快速散发，待瓜条充分晾干后，再掏取种子。掏种对策是：将干燥的种瓜撕去硬皮，露出丝瓜络，再将丝瓜络的项部切开一段口子，用力拍打拌动，可使所有的种子散落出来。丝瓜饱满的种子重要集中着生在种瓜项部粗大位置，瓜把个别没有种子或种子发育不良。一条种瓜一般可采收种子200～400粒，大型瓜品系种子还可再多些，小型瓜种子较少。
