由于不良的环境条件，常会导致金针菇的子实体失去常态，产生畸形，常见的有以下4种。
1 针尖菇
主要症状：菇体顶部尖细（菌盖仍停滞在原基发育时的幼小状态，直径为1～2mm），菌柄中、下部稍粗，类似针尖状，因此常称为“针尖菇”。
发生原因：在子实体发育前期，生长环境中二氧化硫浓度偏高，抑制菌盖的生长，形成针尖菇。
防治措施：出菇场要建立良好的通风措施。瓶栽金针菇待原基形成后进行3～5天的幼菇形成培养，然后套袋，套袋后每天要上、下提动1次进行换气。袋栽金针菇在于实体生长前期要加强掀膜通风，使袋内保持充足的新鲜空气，以促进菌盖的分化及菌柄的增粗。
2 侧生菇
主要症状：菇蕾不是从培养基表层出现，而是出现在侧面，即包壁。
发生原因：在制作时栽培袋填料过于疏松，尤其是选用了分解速度较快的软质培养料，易引起局部培养基收缩，脱离包壁，在低温、光的刺激下，收缩处首先出现原基，由于受包壁的限制而产生畸形。
防治措施：培养料装袋时适当填紧些。
3 疲软菇
主要症状：菇体疲软，无弹性，菌柄东倒西歪，不能直立。疲软发生部位常在菌柄中、下部，呈深褐色，菇体会慢慢萎缩死亡。
发生原因：①出菇时温度偏高；②生长环境中二氧化硫浓度太大；③菇体染病。这些都会破坏菇体正常代谢活动，导致细胞丧失生理功能而逐渐坏死。
防治措施：出菇期尽量安排在低温季节，抓好幼菇培养管理，注意温、湿度及氧气调节，做好遮阳、降温工作。
4 易开伞菇
主要症状：菇体还没成熟，菌盖就早早地开伞。
发生原因：①菌株品种不够优良；②栽培袋内出现细菌性污染，损耗营养，致使袋内营养不足；③栽培袋内小区域二氧化硫浓度偏低；④菇舍内空气湿度偏高，通风不良。
防治措施：选择优良菌株，严把灭菌关，菇房要定期消毒。调节好袋内二氧化硫含量，注意通风换气。
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