有机肥在苹果树上的作用是不可替代的！一是所含营养成分充盈、，是任何一种化肥种类所不具备的。二是能改良土壤。三是有利于促使土壤中微生物的活动，加快土壤中生物小循环过程，有利于果树的成长发育。四是有机肥料在分解过程中可以出现大量的有机酸，能够使个别难溶性物质变成可溶性物质，从而提升土壤物质的应用率；因此，必须重视对果园有机肥料的应用；有机肥的施用量一般要求和果树产量等量施用或倍量施入；
有机肥为完全肥料，但物质重要以有机状态存在，都要通过腐熟分解后才能被苹果树吸取应用，但目前施用有机肥多采用边积边运，随运随施，如人畜粪尿，堆肥等，未经腐熟分解直接施入；直接施入未腐熟的有机肥，不但未能及时提供养份供苹果树汲取应用，影响其正常的成长发育，还会因腐熟分解过程中形成的有害养分而伤害苹果树根系，而且经腐熟分解的肥效发挥与苹果树的需肥时间又很难一致，往往造成肥效流失或浪费；
由于有机肥普遍欠缺，苹果园施肥重要依赖化肥！绝大多数数果园有机肥投入不足，极少数果园的有机肥投入占到全年肥料投入总额的30%左右，好的果园也仅占到50%左右，绝大多数数果园还是以氮磷钾复合肥为主；化肥具有物质含量高、肥效快等特征，但物质单一，且不含有机肥，肥效期短，长期单独利用，易使土壤板结，土质变坏！在施肥中，偏重施氮肥，如尿素、碳酸氢氨等，过多的氮肥还影响苹果树对钙、钾的汲取，使树体营养失调，芽体不饱满，叶子大而薄，枝条不能及时停长，花芽产生难，果实着色差，风味淡且有异味，痘斑病、水心病普遍产生，储藏性下降，体现出显著的缺钙症状；特别是红富士品类，对氮肥敏感，施氮肥过多，果实品质显著下降；近年消费者强烈反映红富士苹果品质下降，不佳吃，也不耐储，其重要起因就是氮肥过多所致！过多施氮肥可使树体抗性降低，诱发腐烂病、白粉病等；欧洲专家在考察我国苹果园现状后认为，氮肥过多是造成产量、质量不高的重要 因素之一；对此，应导致我们的高度重视；
果树的成长发育需要汲取多种营养元素，除了大量元素外，微量元素也很关键，若缺乏则易患缺素症！同时，各种元素间还存在着相助或拮抗作用！如苹果树施氮肥后，树体内含氮量加强的同时，对镁的汲取也多。反之当含氮量低时，对镁吸取减少！而氮与钾、硼、铜、锌、磷等元素含量就相应减少；相反，对苹果树施少量的氮肥，叶中的钾素含量增多，且土壤中氮含量减少，对钾肥吸取就越多，甚至引起因钾素过剩；氮肥施用过量，如不相应的加强钾、镁肥，则控制对钾、镁的吸取，形成钾、镁不足；而钾素过多，对钙、镁汲取就减少！相反，低量钾肥可提升树体中钙、镁的含量！缺钙时，不利于氨离子吸取。过多，土壤呈偏碱性，使铁、锰、锌、硼等变成不溶性，引起缺素症的产生！然而在实际生产中，有些果农不堤防或不了解肥料的平衡作用，在施肥时时而以氮、磷为主，其它元素施用较少，引起缺素症的出现，苹果产量不高，品质下降；要改变此类情况，就必须了解肥料种类，进行合理施肥，以免果树缺素症的形成；
苹果树的需肥期间与其成长节奏密切相关；而个别果农施肥不是以苹果树的需要为前提，而是以资金、劳力等人为因素确定施肥期间，因而达不到施肥的预期目的，有时还会适得其反造成损害！这几年，不少果园将秋施肥推移至春天施，打破了苹果树的“生物钟”；由于物质不能及时转化分解被根系汲取，供给树体春天需肥高峰期使用，而延迟到夏末初秋，肥效才得以发挥，使春稍成长不能及时停止，即使中、短枝停长不久又二次萌生，直接影响果实发育，降低品质和硬度，失去了施肥意义；
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