一、棉花烂种的起因有以下几点
1、种子质量：破籽率太高、种子潮湿发霉、种子活力低。
2、种子处理不妥：浸闷种时间过长，种衣剂不妥，种子残留酸超标。
3、土壤、气候影响：土壤板结、下潮，地温回升慢、播后遇雨板结、土壤盐碱加重。
4、播种质量差：播种过深、播墒过大。
5、病虫害：种子带菌、地下害虫为害。
二、棉花缺苗、死苗 因素
1、品系要素：
新疆个别地区大量引入内地品类，在没有通过品类生态适应性鉴定与实验的状况下，进行大面积栽培酿成播种后死苗、缺苗严重。其它一个就是种子成熟度差、活力低也是酿成出苗缓慢、苗势弱、死苗严重的 因素。
2、气候要素：
近几年来棉花出苗后一些地区会产生大风天气，沙质较为严重的棉田受区别程度危害。细沙被风吹起将小苗叶子打伤。风大时地膜夹带棉苗一起被大风卷起酿成连片缺苗。
还有就是像2016年那样的倒春寒。棉花出苗后遇到地温冻害，个别品系抵抗冻害的能力较强，部分品系抵抗冻害的能力弱，酿成棉苗成长缓慢，严重的会酿成连片棉苗死亡。
3、环境要素：
由于土壤商情大出苗水滴水过量，滴过出苗水后又遇低温阴雨天气，酿成土壤湿度过大，引起棉花根系氧气不足，控制种子呼吸和酶的活性，从而形成有害物质，下降种子活力酿成烂种和死苗。还有一个就是土壤盐碱较大，肥力低下的地块烂种和死苗的状况也比较多。
4、病害要素：
苗期病害多发根腐病，酿成棉苗根部以下坏死，地上个别萎焉致死。酿成棉苗死苗。
三、防治和治疗对策
1、选择优质的品系，在播种前做好种子发芽势的实验去掉破碎种子，选择颗粒饱满、个体较大的优质种子栽培，健籽率达到99%优质种子。
2、在施用苗前锄草剂的时候小心用量，以免发生药害影响后期棉苗成长。
3、播前晒种2～3天以提升种子活性、增强种子抗性。
4、选择正规厂家的包衣剂进行包衣，在拌种时可加入芸苔素内酯或者5%氨基寡糖。
5、选择合适的时间播种并保证播种质量。4月上中旬天气多变，倒春寒频繁避免过早播种。当膜内5cm地温稳定经过14摄氏度时播种为宜。播种不可太深，膜下加膜上播深1.5～2.5厘米为宜
6、增加田间管理：对于长势较弱、土壤板结的棉田准时中耕，加强土壤透气性促壮苗早发。
7、防治和治疗病虫害：以农业防治和治疗为主药剂防治和治疗为辅。重要以甲基托布津、多菌灵的杀菌性药物防治和治疗，在发病前期施药防效好。
8、针对根腐病、枯黄萎病比较多发的棉田，能够在后期温度比较高的时候滴入枯草芽孢杆菌。
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