正确施肥是夺取食用菌高产、改善食用菌品质的主要方法，施肥的作用是补充和调解养分成分，为食用菌的持续高产创造有利的条件。食用菌的施肥可分为培养料施肥及出菇后营养物质液施肥两方面。
一、培养料施肥
现在的棉籽壳吃水量很低，营养物质缺乏，如不其它添加养分则很难提升产量，这就是目前许多菇农反映产量大不如前的 因素。培养料中的施肥应以有机肥为主，化肥的利用量可相对少个别。有机肥的养份全面，能为食用菌菌丝的成长供给全方位的营养物质供应，特别在出菇后期，这一点体现尤为突出，化肥的成分是容易被菌丝汲取使用的物质，可与有机肥配合施用。食用菌经常施用的有机肥有畜禽粪、豆饼、棉饼、玉米面、麸皮、米糠等，按照原料的含氮量高低，可加入10%-30%不等。化肥一般有磷酸二氢钾、硫酸镁、尿素、复合肥、食用菌公用肥等，加入量一般为0.1%-0.5%，不能加入太大，否则会引起菌丝成长不良。
二、出菇后营养物质液施肥
在食用菌出菇后期，培养料的营养物质已不能为食用菌菌丝的成长供给全方位的养分供应，菇农时而会采取各种手段添加养分液补充营养物质。食用菌养分液的添加通常有3种办法：喷施、浸泡和灌穴。喷施营养物质液的时间以子实体大量产生时为宜。喷施时应堤防喷头不要正对着子实体，同时还要小心“四不喷”：1.幼小菇蕾不喷，以免其“肿死”。2.刚采过菇或有菇残体处不喷，以免导致细菌性病害。3.空气湿度过大时不喷。4.菇棚内病虫害严重时不喷。
浸泡法重要用于袋栽的食用菌。在采收完l-2茬菇后，若种植袋呈严重缺水状态，可将其放在配好的营养物质液中浸泡，直到其恢复或接近原重量时为止。
灌穴法重要在菌床上利用，当菌床出菇较多、水分及营养消耗过大时可采用此法。详细对策是：将菌床按10厘米的穴距打眼，向菌床上漫灌配制好的营养物质液，添加完营养物质液后盖土。
三、食用菌施肥应堤防的问题
第一是针对差别的品系采取差别的施肥办法，措施施用不妥，成效会适得其反；第二是在施肥过程中，各种肥料应交替应用，对于某些养份成分较单纯的无机肥料来讲，这一点尤其主要；第三是肥料施用应恰当，切勿一次施用过量，或肥液浓度过大，以免对菌丝的成长酿成不利影响。常用的养份液浓度为：尿素0.3%-0.5%、磷酸二氢钾0.2%等，一定要把握好“少而勤”的原则；第四是各种肥液应现配现用，不可久放，以免肥液变质。
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