防治西瓜枯萎病最重要的措施是轮作换茬，一般要求轮作4--5年。但是，由于农村实行家庭承包以后，一家一户土地较少，重茬现象时有发生，轮作4--5年更是难以实现，因此加强重茬田(包括轮作年限不足的田块)西瓜枯萎病的防治是夺取西瓜稳产保收的重要措施。
1、选用抗病品种。近年来，科研部门加强了西瓜抗病耐病品种的选育，可选用抗病苏蜜、抗病苏红宝、京抗2号，京欣2号，郑抗2号、郑抗3号等抗病耐病品种。
2、种子消毒。播种前可采用①温汤浸种法：在55--60℃温水中浸种20分钟；②药液浸种：40％甲醛150倍液浸种30分钟，或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1小时；③药剂拌种，以干种子重量的0．20％--0．30％的敌克松、拌种双或多菌灵拌种。
3、嫁接防病。西瓜枯萎病有明显的寄主专化性，采用嫁接法防病效果显著。西瓜嫁接常用的砧木有：瓠瓜、超丰F1、野生西瓜“勇士”南砧一号、葫芦等。葫芦砧和瓠瓜砧与西瓜嫁接亲和性较好，嫁接苗成活率高。嫁接的方法有靠接、插接、劈接、断根接等。嫁接成功的关键是培育壮苗和嫁接后3--5天的保湿保温。
4、土壤处理。育苗应选用韭菜地、非瓜田土，加肥料配成营养土，并用营养钵护根育苗。大田土壤要深翻晒垄，重茬田采用移沟法对阴阳土进行交换。酸性土壤可施用消石灰或喷洒石灰水。有西瓜枯萎病史的田块播前用五氯硝基苯、多菌灵，敌克松杀菌剂喷洒瓜沟或将药土施入播种穴，进行土壤消毒。
5、加强肥水管理。基肥要充分腐熟；不施用有病残体的垃圾肥，增施有机肥和磷钾肥，不要偏施氮素化肥，实施配方施肥，西瓜生长期中氮磷钾比例以2：1：1．50为宜。叶面喷施微肥能增强植株抗病性。苗期少浇水，生长期根据苗情采用细流浇灌，严禁大水漫灌、串灌，田间积水要及时排出。追肥切忌伤根，农事操作如整枝压蔓时严防造成伤口过多，以减少土壤中病菌侵入。
6、药剂防治。定植后结合浇定根水进行药剂灌根。发病初期药剂灌根，可用70％甲基托布津可湿性粉剂600倍液，或15％粉锈宁可湿性粉剂2000倍液，或20％甲基立枯磷乳油400倍液等，隔5--6天上次，连灌2--3次。每次每株用药液250毫升。发病初期也可用敌克松与面粉按1：20配成糊状，涂于病茎基部，也有一定防病作用。
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