施肥是综合管理中的重要环节。肥效的充分发挥与土壤和水分有关，只有良好的土壤结构和理化性状才能促进微生物的活动加速养分分解，促进根系吸收。肥料的分解、养分的吸收、运转、合成和利用，又必须在水的参与下进行，所以施肥必须结合灌水肥效才会充分发挥。另外，施肥是维持土壤肥力，满足果树生长发育所需营养元素的重要措施，施肥的种类、数量、方法和时期都会影响施肥效果。生产上应根据其营养特性和营养丰亏的情况，科学施肥。火龙果花期持续时间长，营养消耗较大。因此，对肥料的需求量较大，特别是进入盛产期，更应加强对肥水的管理。
确定合理的施肥量，主要从树体本身的消耗、土壤的供给能力以及肥料的利用率来考虑，才较科学；一般通过叶片营养分析来判断营养的盈亏，再通过施肥来加以调整。火龙果的施肥以有机肥为主，配以少量的化肥。农家肥部分，按照鸡粪、猪粪、花生麸1：2：7的比例，每667平方米使用量大约9立方米／年(根据土壤肥力情况和苗木生长量来定)，另外，还要根据需要追施氮肥和磷酸二氢钾，缺素时还要适量添加微量肥。试验研究结果表明，最适期施用肥料，可减少施肥次数，提高肥料利用率。
高温多雨的地区，多次薄施，可提高肥料的利用率。火龙果可以每年7、10月及翌年3月施肥3次，各施牛粪堆肥1.2千克／株及复合肥200克／株。国外的田间试验表明，氮肥的施用一般有连续的增产效果，磷肥的增产效果则表现在头两年，钾肥和微量元素(B，Cu，Zn，Mn)在后期对产量的增加有较好的效果。优质高产栽培推荐火龙果施肥量为第一年施氮80千克／公顷；第二、三年每年施五氧化二磷20千克／公顷；第三年施氧化钾10千克／公顷，5千克硼／公顷，铜、锌和钼各10千克／公顷。
