有机哈密瓜的栽种对于产地的要求极高，其土壤质地是否符合苹果本身需求，种植环境是否达到国家优质环境标准，以及有机哈密瓜的灌溉水源是否达标，施肥是否是有机肥，都直接影响到哈密瓜的品质。
在有机哈密瓜的生产和加工过程中绝对禁止使用农药、化肥、除草剂、合成色素、激素等人工合成物质，要完全符合生态体系要求。
1.哈密瓜补种。一般播种后5-7天即可出苗，出苗3天之内应立即查苗补种，补种的种子应进行种子消毒，然后浸种催芽，种子露白即可补种。
2.哈密瓜间苗、定苗。1-2片真叶时开始间苗，每穴留2株，间苗时注意间去弱苗及病苗。4-5片真叶时定苗，每穴留1株健苗。如果精量播种，可在4片真叶时，将间苗、定苗一次完成。
3.哈密瓜中耕除草。中耕松土即可提高地温，又可保墒和铲除杂草。未覆盖地膜的瓜田，瓜苗出齐后可用手铲在瓜苗周围松土、垄土，并结合除草。中耕深度20厘米以上，在瓜苗伸蔓前中耕除草2-3次，结合中耕，拔除播种穴周围的杂草并随时封严穴口。
4.哈密瓜倒蔓。5-6片真叶时进行倒蔓，倒蔓时将根茎部靠畦内一侧的土壤轻轻扒开后，使其成为一个5-7厘米深的小槽，然后顺势将瓜蔓倒向槽内，并抹去茎基部的第1、2个侧蔓。与此同时在根茎基部培10-20厘米的疏松干土。
5.哈密瓜整蔓、留瓜。哈密瓜的整蔓、留瓜根据品种而定，早中熟品种，采用单蔓整枝法；中晚熟品种，采用双蔓整枝法。具体整枝方法可根据当地种植甜瓜习惯而定。单蔓整枝：主蔓（一次蔓）不摘心，抹去基部第1-4片叶子的侧芽（二次蔓），主蔓5节以后的无雌花子蔓或有雌花但不留瓜的，可留1叶摘心，有雌花的子蔓留2片叶摘心。留瓜节位最好在第6-7节子蔓上。双蔓整枝：瓜苗长至4-5片真叶时主蔓摘心，并抹去基部第1-2片叶子的侧芽，留第3-4节上的两条子蔓，其余均抹去，孙蔓（三次蔓）长出后，无雌花的抹去，有雌花的留2片真叶摘心，留瓜节位在第2-3节的孙蔓上。整蔓待幼瓜长至鸡蛋大时即可停止结合整枝可用土块或树枝交叉法压瓜蔓，用土块压蔓，要先将压蔓处的土划一条小槽，将瓜蔓顺势放在小槽内，在压上土块。全生长期共压蔓2-3次，直至封垄为止。
6.哈密瓜追肥。地膜覆盖栽培的瓜田一般不在追施有机肥，若基肥不足，可追施部分饼肥。追肥必须在雌花开放前进行，在两株瓜苗之间，距沟沿下方20厘米处挖穴。第一次果实采收后，可进行第二次追肥。
