生物有机肥是以畜禽粪便、城市生活垃圾、农作物秸秆、农副产品和食品加工产生的有机废弃物为原料，配以多功能发酵菌种剂，快速除臭、腐熟、脱水后，再添加功能性生物菌种剂加工而成的含有一定量功能性微生物的有机肥料。它符合生产安全、无公害绿色农产品的肥料原则要求。在施用生物有机肥时掌握正确的方法才能达到最好的效果。
首先，生物有机肥施入土层不易过深。因为生物有机肥是依靠其活性来分解有机质的，其活性必须在一定的温度、湿度、透气性、有机物质的条件下才能实现。而施入太深会影响生物肥活性。因此，生物有机肥以施在地表下10—15厘米处为宜。
生物有机肥施用时也不宜与单一化肥混施。单一化肥因其成分单一，且酸碱程度不同，如果大量施用，势必影响生物有机肥的生物活性。因此，生物有机肥最好单独施用。
生物有机肥与农家肥（生鸡粪）、磷酸二铵复合肥配比要合理给瓜果施肥的原则施生物肥要优质，有机肥要腐熟，化肥要元素全（根据瓜果种类不同合理配比）。在施用时应注意，生鸡粪盐过多，磷酸二铵磷过多（18个氮、46个磷），复合肥氮、磷、钾配比为15：15：15或16：16：16或17：17:17，如果选用时，一定要先计算，再配比，后施用。
另外，生物有机肥穴施更重要，特别是茄果类蔬菜，重茬现象不可避免。即使补施了一些生物肥、微肥，由于受温度、湿度、透气性、有机质等条件的影响，再加上幼苗根弱的原因，很难快速发挥作用，如果穴施生物有机肥，一方面可快速促进活跃土壤，提高土壤透气性，促进根系快速生长发育；另一方面可缓解因有机肥不腐熟、化肥没分解形成养分的空缺，及时供给根系养分，给根系一个良好的生长环境，促进团根早形成。
