酵素菌肥与传统肥料在肥料制作工艺、养分构成、作用机理上都有本质的区别。
首先,酵素菌肥是采用发酵新工艺把酵母菌、丝状菌、有益菌“三菌结合” 菌种群体加工而成的肥料,所以肥料本身就含有大量有效活菌,施入土壤中就能作为养分被作物吸收,不会在地里形成残留物。同时,有益活菌在土壤中大量繁殖,又快速分解土壤中各种动、植物残体,溶解土壤中被固定的元素,达到解钾、释磷、固氮的目的,使土壤得到迅速改良,不会像化学肥料那样引起土地的板结。其次,酵素菌肥中大量的活菌群体进入土壤中后,定植于作物根际中生长发育,使作物根部迅速生长、深扎,这种高效功能是其它肥料所没有的,在瘦瘠地或者板结地、病虫害严重的土地,施用这种生物肥,效果更为明显。
市面上销售的任何一种肥料,不论是单一的高效氮、磷、钾化学肥料,或者二元(氮钾)、三元(氮、磷、钾)复合肥料,都不能与之媲美。元素单一的化学肥料,养分含量虽高,肥效虽速,但没有酵素菌肥料的多元结合,具有肥效又快速、又全面、又持久的功能;各种复合肥料虽有多元素的组合,但它没有酵素菌肥料所含有的大量有机质和有效微生物群体,没有能迅速改良土壤,使作物迅速长根和生长的功能。