微生物肥料与化学肥料最大的区别就是它以“活”的微生物为主体。既然是活的微生物，其肥效高低好坏就受到肥料中“功能微生物”的“活跃活泼程度”和“繁殖能力”及“繁殖快慢”的影响，活泼好动、转瞬“子孙成群”，“争做贡献”的“功能微生物”越多，肥效就越大。所以某种意义上讲，其他制约条件（菌种活力、培养基等等）一定的情况下，土壤温度决定着微生物菌肥的肥效发挥。农作物的生长是否良好，与土壤温度有十分密切的关系，而土壤温度的高低对微生物肥料的效果发挥也有着很大的影响。
不同农作物种类对土壤温度的要求是不一样的，以蔬菜为例，有耐寒性、半耐寒性、适应性、喜温性、耐热性等五种类型，不同温度类型的蔬菜，有着对气温也就是地温的具体要求范围。土壤的导热率低于空气，因此“地温”比“气温”要相对稳定得多，气温变化几度，地温变化较小。一般来说，土温在15℃-28℃之间微生物肥效反应最好（请请注意，土温不等于地温），而低于10℃高于30℃的土温，微生物菌肥的肥效反应较差。土温偏低，微生物不活跃，根系生长也受到抑制，厂家技术不过关、适应能力差的微生物菌种就会“患感冒”。地温偏高，加快了根部的呼吸，但也加速了根的衰老过程，由于根的衰老，对土壤水分、养分的吸收能力降低，导致了植株早衰，微生物肥效的直观效果也受到影响。适宜的温度能使“功能微生物”倍增效益，放大贡献。
