在过去长期的水产养殖中，靠大量施用化肥来培育水体中的浮游生物可以提供滤食性鱼类（鲢、鳙鱼类）的单产，其增产和经济效益是显著的。但是，随着科学技术的进步，推广无公害生态健康技术养殖，长期单纯使用化肥养鱼，会造成渔业养殖水体环境的污染，有毒害的重金属元素经鱼类吸收后会产生变异和累积，人类吃食后对身体健康会带来很大的危害。
1.氨氮（尿素、氨水等化肥）。经测定使用氮素化肥水域含氮化合物，如果主要含有机氮和氨氮，就说明这水体质量已经受到了污染。有关科研资料表明，一般水体中氮的含量不超过1毫克/千克为宜。氮氨含量的最高允许值为2毫克/千克。如果饮用水的含量超过这个指标，就会给人类身体健康带来危害。
2.硝酸盐。如果在养鱼水体中长期施用氮素化肥，则氮就会以硝酸盐的形式存在。水体中硝酸的含量一般不超过0.5毫克/千克为宜。如果含量很高就会引起人体变性血红蛋白症。水体中对鱼类有害的成分，还有亚硝酸盐和亚硝酸态氮，它们进入浮游生物（藻类、菌类、寄生虫等）体内，被鱼类摄食后可在体内积累。这些物质还能与胺类反应，生成具有致癌、致畸作用的亚硝酸胺类，对人体健康威胁很大。
3.砷。据科学研究分析，磷矿石中砷含量的平均值为24毫克/千克。生活饮用水规定，砷的毒理学指标不超过0.04毫克/升。渔塘长期施用过磷酸钙和硫酸钾，就会形成砷的积累，干塘后塘水排放到自然水域中就增加了对水体的毒害，最终还是害了人类。
4.酚类。国家规定，生活饮用水中挥发性酚类不得超过0.002毫克/升。由于渔塘过量施用化肥培育水质，水体中就会合成一部分酚类化合物，其中苯酚对人类毒性较大，能使蛋白发生变性和沉淀，对动物（人类）各种细胞都有直接毒害作用。
长期过量使用化肥养鱼成了一个令人忧虑的问题。因此，不提倡使用化肥鱼。但是在池塘养鱼实际工作中，还是要培育（肥）水质，以解决滤食性鱼类的饵料。建议用专门水泥池将发过酵的人畜粪有机肥作培育水质养鱼，减少杜绝化肥中的有毒害作用的金重属元素污染，以保持水域生态环境平衡，方可有利于可持续循环发展无公害生态健康养殖。
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