一忌与碱性肥料混施或同时施用尿素施后须转化成氨态氮才会产生肥效，而氨态氮在碱性条件下，大部分氮素会变成氨气挥发掉，所以尿素不能与石灰、草木灰、钙镁磷肥等碱性肥料混施或同时施用。一般来说，夏秋季节，尿素与碱性肥料应错开3～4天施用，冬春季应错开7～8天。
二忌作拌种肥尿素在生产过程中，常产生少量的缩二脲，当缩二脲含量超过2％时就会对种子和幼苗产生毒害，这样的尿素进入种子和幼苗中，会使蛋白质变性，影响种子发芽和幼苗生长，故不宜作种肥。若必须作为种肥施用，要避免种、肥接触，并控制用量。
三忌施后立即灌水尿素属酰胺态氮肥，它要转化成氨态氮才能被作物根系吸收利用，转化过程因土质、水分和温度等条件不同，时间有长有短，一般在经过2～10天才能完成，若施后马上灌排水或旱地在大雨前施用，尿素就会溶解在水中而流失。一般夏秋季节应在施后2～3天才能灌水，冬春季节应在施后7～8天后浇灌水。
四忌地表撒施尿素撒施在地表，常温下要经过4～5天的转化才能被利用，大部分氮素容易在氨化过程中挥发掉，一般实际利用率只有30％左右，如果在碱性土壤和有机质含量高的土壤中撒施，氮素的损失会更快更多。而且尿素浅施，易被杂草消耗。尿素深施，融肥于土，使肥料处于湿润的土层中，有利于肥效的发挥。作追肥应穴施于苗旁或沟施在苗侧，深度应在10～15cm左右。这样，尿素集中在根系密集层，便于作物吸收利用。试验证明，深施比浅施能提高尿素的利用率10%～30%。
五忌用量过大尿素含氮量高，施用量不宜过大，以免造成不必要的浪费和“肥害”。一般每亩施用5～15公斤，水田每亩施15～20公斤。施用过多，在转变为碳铵前不能被土壤吸收，容易被雨水淋失，且易伤害作物。同时尿素施得过多，大部分被流失，进入地下水，将会导致水体的氮素污染，造成亚硝酸盐的沉积，严重影响人畜安全。
六忌高浓度叶面喷施在所有氮肥里面，尿素是最理想的叶面肥。喷施尿素，作物合成蛋白质的数量和速度都超过其他氮肥。但是，叶面喷施时切忌尿素溶液浓度过大，否则会烧坏叶片，也会毒害植株。通常对玉米、水稻等喷施的浓度以2%为宜；蔬菜、瓜类以0.5%～1.5%为宜。
七忌施用过迟施用尿素过晚，不利于肥效的发挥，易造成作物贪青晚熟，故一般应比其他氮肥早施4～7天施用。
八忌单一施用尿素的有效成分是氮素，养分单一，而作物生长发育需要多种营养成分。因此，尿素应和有机肥及磷、钾肥等配合施用，以满足农作物对各种养分的需要。而且尿素与有机肥及化肥合理混施，还能有效提高其利用率。如尿素与过磷酸钙混合施用，可以使不稳定的碳酸氢铵转变为稳定的磷酸铵，这样氮的自然挥发就大大减少。尿素与有机肥料混合施用，在发酵过程中产生有机酸，也可加速尿素的转化与分解，迅速被作物吸收，提高尿素的利用率。
九忌施于芹菜上芹菜整个生长期间需追施大量的氮素肥料，但不可施尿素。因为追施尿素会使芹菜纤维增多变粗，植株老化，生长缓慢，且食用时带苦味，品质低劣。芹菜适宜施碳铵、氨水和腐熟的有机肥料，以利于提高品质。陈茂春
