在山水盆景上配置树木时，要根据意境的需要来选择树种和生态造型。常用于配植的树种有五针松、小叶罗汉松、六月雪、瓜子黄杨、小叶榆、雀梅、小叶女贞等，草本植物如文竹、翠云草、蒲草、铁线蕨与凤尾蕨等，这些都是很好的配植植物。
配置植物时，要特别注意植物与山石的比例关系。木本植物宜配较大的山石，草本植物宜配较小的山石。依据中国画中的：“丈山、尺树、寸马、分人” 之说，植物不太大，种植的植物大小，高矮都要与主题内容一致。生长在不同部位的植物，由于生态环境的差异，其形态亦有所不同。山下平坡上宜配置丛生树木， 树干一般较直；在山溪边的树木，树干多向水边倾斜；长在悬崖峭壁上的树木，有倒挂横飞的姿态；立于山顶上的树木，常出现平顶树冠。
因此在配置植物时，要仔细审视环境和部位，要按照自然山水中植物生长规律来进行配置和造型，切不可随心所欲，造成失真。木本植物造型要事先培育 好，栽于山石上，根脚不要过于暴露，要有藏有露，宜将树木栽植在主峰的半山腰、次峰或山脚，或栽在山石的侧面或背面，让树干和枝叶伸出石外，以增加层次 感，更显自然美。
植物配置要疏密得当，树不可过密，要显示出山峰之秀丽。当栽则栽，当让则让，不可喧宾夺主，杂乱无章，破坏山水的整体美。
栽植植物的方法，一般先在山石上凿出洞穴，将树根带泥土栽入穴中，其上辅青苔，不留人工痕迹。有的可直接栽入山石的大裂缝中。宛若自然生长的树木，蔚为壮观。
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