危害蓝莓的病原有真菌、细菌和病毒，共有几十种病害。生产中危害较普遍的有以下几种。
(一)蓝莓真菌性病害
1、蓝莓僵果病
僵果病是蓝莓生产中发生最普遍危害最严重的病害之一。它是由Monilina Vaccinii-corybosi真菌引起的。在侵害初期，成熟的孢子在新叶和花的表面萌发，菌丝在叶片和花表面的细胞内和细胞外发育，引起细胞破裂死亡。从而造成新叶、芽、茎干、花序等突然萎蔫、变褐。3~4周以后，由真菌孢子产生的粉状物覆盖叶片叶脉、茎尖、花柱，并向开放花朵传播，进行二次侵染，最终受侵害的果实萎蔫、失水、变干、脱落、呈僵尸状。越冬后，落地的僵果上的孢子萌发，再次进入第二年循环侵害。
据调查，在最严重的年份，可有70%~85%的蓝莓受害，较轻的年份也可达8%~10%。僵果病的发生与气候及品种相关。早春多雨和空气温度高的地区往往发病严重，冬季低温长的地区发病严重。不同品种感病程度不同，兔眼蓝莓在发病初期易受侵染，而高从蓝莓中的奈尔森、蓝塔、达柔、考林则抗病性强，蓝丰、伯克利、蓝乐、早蓝、泽西、维口则易感病。
生产中可以通过品种选择、地区选择降低僵果病危害。入冬前，清除果园内落叶、落果，烧毁或埋入地下，可有效降低僵果病的发生。春季开花前浅耕和土壤施用尿素也有助于减轻病害的发生。
使用药剂可以根据不同的发生阶段，使用不同的药剂。早春喷施50%的尿素，可以控制僵果的最初阶段，开花前喷施20%的嗪胺灵可以控制第一次和第二次侵染，其效果可达90%以上。嗪胺灵是现在防治蓝莓僵果病最有效的杀菌剂。
2、蓝莓茎溃疡病和枝条枯萎病
茎溃疡病是美国东北部蓝莓生产中一个危害比较严重的病害。它是由Phomopsis Vaccinii真菌引起。
茎溃疡病危害最明显的症状是“萎垂化”，或者茎干在夏季萎蔫甚至死亡。严重时，一个植株上多个茎干受害。气候炎热时受害叶片变棕色。随枝条成熟，叶片卷在枝条上呈束状。茎干溃疡病侵染部位往往位于枝条基部，并呈扁平状。侵染部位的小黑点里包含孢子。孢子的传播主要是由雨水冲刷传播。枝条枯萎病往往发生在5~15cm的当年生枝条，主要症状是顶尖死亡。
防治的方法是，在休眠器修剪时，剪除并烧毁萎蔫和失色枝条，在夏季，将发病枝条剪至正常部位。园地选择上，尽可能避免早春晚霜危害地区，采用除草、灌水和施肥等措施促进枝条尽快成熟。喷施防治僵果病的药剂可以减轻茎干溃疡病的危害。
除了以上两个主要真菌病害外，其他真菌病害还有叶斑病、烂根病、烂果病等。
(二)蓝莓病毒病害
蓝莓生产危害较重的病毒性病害有几种，一般情况下，病毒性病害传播主要是昆虫类，如蚜虫、线虫、叶蝉、蜜蜂等。一旦植株感病，则危害一生。防治的最好措施是以预防为主。一旦发病，应尽快清除感病植株，同时喷施杀虫剂，控制害虫携带病毒向外传播。
1、蓝莓枯焦病毒(BBScV)
蓝莓枯焦病毒可以引起叶片和花死亡。在高从蓝莓中，“蓝丰”、“蓝塔”、“泽西”、“奥利匹亚”、“华盛顿”表现抗病，这些品种受侵染时，虽然表现症状，但不会引起产量损失，而“伯克利”和“迪克西”表现抗病性差，受害严重。受害植株最初表现病状是在早春花期，主要是花萎蔫，并少量死亡，接近花序的叶片少量死亡，老枝上的叶片叶缘失绿，这种病状每年发生。随着植株生长，“迪克西”和“派伯”品种常常发生受害枝条上部5~10cm死亡，而抗病性较差的“伯克利”往往表现大部分叶片死亡，并引起3~6年生植株死亡。一些抗病性稍强的品种只表现叶片失绿症状。受侵害萎蔫的花朵往往不能发育成果实，从而引起产量降低。
蓝莓焦枯病在田间传播迅速。据美国调查，在一个定植283株“派伯”的蓝莓园中，一年之间可使50%植株受害。定植时受害率为6%，定植5年后受害率达95%。据研究，其传播主要是由蚜虫实现。
防治这一病害最佳方法是定植无病毒苗木，选择定植园时，确保该地及邻近园没有此类病毒。尤其值得注意的是，邻近蓝莓园种植的是抗病品种，虽无症状表现，但却可能感病，是永久性的病源。一旦发现植株受害，应该马上清除烧毁，并在3年内严格控制蚜虫，防止未来发病。
2、蓝莓鞋带病毒病
蓝莓鞋带病毒病是蓝莓生产中发生最普遍，危害最严重的病害。在1981年，美国密执安州由于该病的发生，引起300万美元的的经济损失。
该病最显著的症状是当年生枝和1年生枝的顶端长有狭长、红色的带状条痕，尤其是向光一面表现严重。在花期，受害植株花瓣呈紫红色或红色，大多数受害叶片呈带状(由此而称“鞋带”)，少数叶片沿叶脉呈红色带状或沿中脉呈红色带状。有些叶片呈月牙状变红或全部变红，受害枝条往往上半部弯曲。
蓝莓鞋带病的传播是从植株到植株，主要靠蓝莓蚜虫传播。这一病毒的潜伏期为4年，即受侵染植株4年后才表现症状。利用带病毒植株繁殖苗木是这一病毒在远距离传播的主要方式。
防治最重要的措施是杜绝病株繁殖苗木。当在田间发现受害植株后，用杀虫剂严格控制蓝莓蚜虫，利用机械采收时，应对机械器具喷施杀虫剂，以防其携带病毒蚜虫向外传播。
3、蓝莓叶片斑点病
蓝莓叶片斑点病到目前为止，发生区域较少，但一旦发病则危害严重。从发病开始几年内，茎干死亡直至全株死亡。不同品种对此病的抗病性不同，症状表现也不一致。“卢贝尔”抗病性最差，受害植株5~6年以后表现为多年生茎干死亡，重新抽生枝条生长矮小并畸形生长，叶片有斑点，有时枯斑，呈现为粗糙的环形“窗口”，进一步发展叶片畸形并呈条状枯焦。“泽西”品种表现较轻，茎干死亡较少，但树体生长矮小，由于节间缩短，枝条上部叶片呈簇生并变黄绿，叶片较正常叶片变小。
蓝莓叶斑病主要由蜜蜂和大黄蜂的授粉活动传播，其传播范围根据蜜蜂的活动范围可达1km2以上。在一个10ha果园，如有一株植株受病毒侵染，在10年内，其受侵染率可达50%以上。利用病株扩繁苗木也是其重要传播方式。
防治此病的最佳方式是清除病株。利用杀虫剂，则使蜜蜂不能授粉，从而影响产量和品质。蓝莓叶斑病的潜伏期为4年，因此，早期诊断显得非常重要，利用ELISA酶联免疫技术可比较容易进行早期诊断。另外，在生产中控制放蜂也可有效控制此病的传播，新建果园应离开感病果园至少2km2以上。
4、蓝莓花叶病
花叶病是蓝莓生产中较为普遍的一种病害，该病的发生，可减少15%的产量损失。花叶病的发生与基因型有关，如“康维尔”品种花叶病的发生被认为是由于基因而引起的生理紊乱。
该病的主要症状是，叶片变黄绿、黄色并出现斑点或环状枯焦，有时呈紫色病斑。症状的分布在株丛上呈斑状，不同年份症状表现也不同，在某一年表现症状严重，但下一年则不表现症状。
花叶病主要靠蓝莓蚜虫和带病毒苗木传播，因此，施用杀虫剂控制蚜虫和培育无病毒苗木可有效地控制该病毒的发生。
5、蓝莓红色轮状斑点病
红色轮状斑点病是美国蓝莓产区发生较为普遍的病害之一。据调查，该病的发生可引起至少25%的产量损失。
植株受病时，1年生枝条的叶片往往表现有中间呈绿色的轮状红色斑点，斑点的直径为0.05~0.1cm。到夏秋季节，老叶片的上半部分亦呈现此症状。
该病毒主要靠粉蚧传播，另一种方式是带病毒苗木传播，防治的主要方式是采用无病毒苗木。
除了以上5种病毒病害之外，还有矮化病毒、番茄红点病毒、山羊尾病毒等均对蓝莓生产造成危害。
