黑木耳绿霉病
症状菌袋、菌种瓶、段木接种孔周围及子实体受绿霉菌感染后，初期在培养料段木或子实体上长白色纤细的菌丝，几天之后，便可形成分生孢子，一旦分生孢子大量形成或成熟后，菌落变为绿色，粉状。
防治①保持耳场，耳房及其周围环境的清洁卫生。②耳房、耳场必须通风良好，排水便利。③出耳后每三天喷1次1%石灰水，有良好的防霉作用。④若绿霉菌发生在培养料的表面，尚未深入料内时，用PH10的石灰水擦洗患处，可控制绿霉菌的生长。
烂耳（又名流耳）
症状耳片成熟后，耳片变软，耳片甚至耳根自溶腐烂。
防治①针对烂耳的原因加强栽培管理，注意通风换气，光照等。②及时采收，耳片接近成熟或已经成熟立即采收。③可用25mg/kg的金霉素或土霉素溶液喷雾，防止流耳。
耳菌块防霉菌
产生原因木耳菌块霉菌污染是导致木耳菌块减产，影响产品质量的一个重要原因，青霉、木霉是木耳菌块上最常见的杂菌。
防霉措施①选用抗霉能力较强的菌株。②选用新鲜原材料越夏。③在培养料中增添抗霉剂，目前认为比较有效的方法是用0.1%高锰酸钾水溶液，或用石灰清水拌料，后者还能防治培养料偏酸。④用已经满瓶的菌种压块，挖瓶。压块用具和薄膜都要用0.1%高锰酸钾溶液消毒。压块后1周时间内，菌丝尚未完全恢复，若有霉菌出现，可用饱和石灰水清液涂抹患处。⑤保护环境清洁出菇期间，在采收第1批木耳后，每3～5天在地面喷1次1%石灰水，或1%～2%煤酚皂溶液，或0.1%多菌灵，可交叉使用，以控制杂菌生长。⑥室内发菌，室外出耳，被认为是木耳菌块栽培的一项有效的防霉措施。⑦加强水分管理，要根据菌块水分散失情况和空气流量。
蓟马
为害状从幼虫开始危害木耳，侵入耳片后吮吸汁液，使耳片萎缩，严重时造成流耳。
防治用500～1000倍40%乐果乳剂、1000～1500倍50%可湿性的敌百虫药液、1500倍马拉硫磷喷杀。
伪步行虫
为害状成虫啮食耳片外层，幼虫危害耳片耳根，或钻入接种穴内至食耳芽，被害的耳根不再结耳。入库的干耳回潮后，仍可受到危害。
防治清除栽培场所的枯枝落叶，并喷洒200倍的敌敌畏药液，可杀灭潜伏的害虫。虫害大量发生时，先摘除耳片，再用1000～1500倍的敌敌畏药液喷杀；也可用500～800倍的鱼藤精、500～800倍的除虫菊乳剂、1500倍的马拉硫磷防除，还可用1000～2000倍的50%可湿性敌百虫药液浸段木。在芒种和处暑期间，每次拣耳之后，都可用上述药物喷洒1次。
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