金针菇长得不整齐，重要起因出菇期管理不妥酿成的。那么，如何预防呢？以下为金针菇合理的管理办法：
1.蕾期。采取催蕾管理对策，将菇房门窗打开，增强光照和通风，向空间喷雾状水，使菇房空气相对湿度增高到90%左右，降温至10摄氏度左右，同时松动袋口，以诱发菇蕾的产生，但这时一定不能把袋口的塑料薄膜所有撑开，以防培养料水分蒸发，影响菇蕾发生。几天后，当培养料面发生棉花状菌丝或黄色水珠时，将袋口敞开，通过1周左右，陆续长出针头状的菇蕾。
2.驯养期。当子实体长到1厘米左右时，要减少或停止喷水，湿度抑制在75%左右。通风降温，将温度调节在5摄氏度左右。驯养后，恢复并坚持菇房的温度在10摄氏度左右，即可促使子实体成长。
3.伸长期。要采取对策促进菌柄快速伸长。(1)套筒与拉直袋口。当子实体长到2-3厘米时，应把塑料袋口多余的薄膜撑开，提高拉直，这样能够制约供氧，增高二氧化碳浓度，目的是控制菌盖开伞，促进菌柄伸长。(2)调温。将温度抑制在10摄氏度左右。(3)增湿。空气相对湿度应坚持在85-90%，菇房内应喷水保湿，喷水量随子实体成长而加强。(4)弱光诱导。在两排床架正中上方，每隔3-5米安装1只15瓦灯泡，出现垂直光，诱导子实体成束地伸向光源的偏向，促进菌柄伸长。(5)调控二氧化碳浓度。经过减少通风次数和时间，使菇房空气中的二氧化碳浓度坚持在0.1%-0.15%。经过以上管理办法，大概15天之后，就可生产出菌盖直径1厘米左右，菌柄长度8-15厘米商品性较好的金针菇产品。
