一、病害造成的腐烂洋葱经常发生的病害是：软腐病（细菌性病害）和茎腐病（真菌性病害）。
防治方法为：1.注意轮作，忌与葱蒜类作物重茬。栽培地尽量深耕30厘米，如用旋耕犁，则需定植前喷施免深耕，约20天土壤50厘米深疏松通透，可有利于根系生长发育，提高植株抗病力。2.施用腐熟好的肥料，防肥料带菌。3.尽量利用垄作。4.生长期控制氮肥施用量，施肥应氮、磷、钾配合。5.鳞茎形成期注意及时排水，避免长期积水。6.及时防治虫害，避免造成伤口。7.发病前用下列药剂：72％农用链霉素4000倍液、50％琥胶肥酸铜可湿性粉剂500倍液与72％克露可湿性粉剂600倍液、405福星乳油8000倍液交替喷施。
二、虫害造成的腐烂地老虎、金针虫、地蛆等地下害虫为害洋葱后造成的伤口，很易使霉菌侵入发生霉烂，同时能造成侵染性病害的发生。除了灌药防治外，6月上旬应在地内喷施万灵、安打等药剂防治成虫的危害。
三、缺素造成的腐烂由于早春地温低，土壤中铵态氮积累过多，影响钙、钾、镁等元素的吸收，造成缺少上述肥料元素的生理性病害发生。生长期施用氮肥过多，也会造成上述元素的缺乏。由于上述元素的缺乏，造成叶沿失绿、叶尖干枯，同时鳞茎的外部及内部的鳞片也会发生干枯、腐烂。为此栽培中应注意氮、磷、钾配合施用。生长期可根外追施高能红钾及0.2％硝酸钙液，以补充钾、钙元素。
四、雨水、积水造成的腐烂洋葱生长后期叶鞘松动，空隙较大，田间过大的积水会浸入倒伏植株的叶鞘内；雨水会浸入未倒伏植株的叶鞘中。上述因素均会造成鳞茎腐烂。为此，应注意排水，并及早收获。
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