秋天蘑菇种植重要病虫包括：螨虫、跳虫、菇蚊和有害疣孢霉。现将这些病虫害危害特性与防治和治疗对策叙述如下。
一、螨虫危害状
在发菌过程中，如发现菌丝有退菌征象，如绒毛状菌丝减少，干脆菌丝增多，菌丝表层见到有粉红色发亮点，则为茹床发生螨头。当用放大镜所看到的范围内存在3～5只螨虫时，即达到防治和治疗指标志。培土后螨虫会随着菌丝向土面成长而和土面移动，集中于原基和菇柄基部取食，常酿成根部光秃，无菌根，养分无法输送而萎缩致死。同时螨虫传播病菌和病毒，螨虫严重的菇房各种病害也较严重。
二、跳虫危害状
跳虫是杂食性昆虫，在大田和棚室内栽培蘑菇，跳虫较多。常见的种类有灰白色的角跳虫和体型微弱的黑角跳虫。跳虫即取食菌丝也取食菇体，常群集于菌褶内或菇盖上，将菇体咬啮成千疮百孔，酿成菇体干缩死亡。尤其是黑角跳虫，虫子体细微，虫口密度大，极易酿成毁灭性灾害。
三、菇蚊危害状
秋天温度逐渐下降，较为适合菇蚊和菇瘿繁育危害，尤其在粪肥充沛和发酵不彻底的培养料内，菇蚊和菇瘿数量庞大，以幼虫取食菌丝的商品性，下降产量，如菇蚊爆发，群体数量过大，也可导致毁灭性灾害。
四、有害疣饱霉症状
当菇菌丝在土中处于菌素发生期，原基分化期和子实体成长时期均可被有害疣孢霉侵害危害。菇体被害后体现畸形，菇柄膨大，菇盖变小，并附有白色绒毛状菌丝，后变褐，形成褐色液或病斑，菇体被害后产量和质量都遭遇更强损失。
五、病虫害综合防治和治疗
在发菌中后期，培养料中虫口密度达到避免指标时，需准时用药防治和治疗，用药种类应选用高效底毒、对菌丝和菇体无损害的农药。茹房条件好，密封性强，可用磷化铝熏蒸，每立方米3片(9.9克)密闭48小时。大多数数菇房或容地种植的场所只能采用药剂喷雾防治和治疗，菇虫净是公用于食用菌杀虫杀螨的生物型药剂，具有内吸和胃毒作用，在虫口密度大时，用500倍喷雾;在培土期出现虫害，可在培土后结合重施调菇水时，在水中配入1000倍菇虫净;农第一潮菇成长期出现虫害，应在第一潮菇的高峰期过后，用菇虫净防治和治疗。用药前视菇房湿度停止浇水1～2天，使药剂能更快地汲取到菌床的深度，达到显著的杀虫成效。
当菇床上发生被疣孢霉侵害的病菇后，应停止喷水2～3天，坚持床面干燥，准时摘除病菇并烧毁，待这潮菇过后，立刻喷1000倍的多菇丰杀菌剂，结合补水，隔3天喷1次，连喷3次，可有用地抑制土层内的病菌蔓延，同时小心抑制空气湿度，增加通风。
在气温偏高的8月份特种，菇床内潜伏着较多的病虫菌源，当出过二潮菇后，遇到较高的温度时，病害和虫害时而爆发，防治和治疗时可将杀虫剂和杀菌剂同时混在一起后喷施，达到双管齐下的成效。
