a.气调冷藏经晾晒后的哈密瓜小心摆放在冷库果架上，预冷后外罩塑料大帐或聚乙烯醇（pva）薄膜单瓜包装。控制贮藏环境的温度为3～4℃，氧气浓度为3%～5%，二氧化碳浓度为0～2%，相对湿度为75%～85%。在这样的条件下贮藏，可有效地控制哈密瓜的呼吸代谢和微生物蔓延。贮藏4个月的果实仍然新鲜、光亮，果肉硬度较高，腐烂率也低。
b.自然降温贮藏包括吊挂贮藏和架藏。
吊挂贮藏是一种较好的民间贮瓜方法，在采后晒瓜10～20天，待外界气温接近0℃时选好瓜入窖。一般认为，晒瓜可使瓜皮柔软，可减轻在搬运过程中对瓜所造成的机械伤害，另外，还能促进伤口愈合，增强瓜体的抗病性。
吊挂贮藏是将三根悬挂在窖顶杆上粗约l厘米的绳索或2厘米宽的帆布带每隔50厘米打一个结，然后，将欲贮藏的哈密瓜果柄朝下夹在三股吊绳的结上。原则上大瓜在下，小瓜在上。每组吊绳可挂瓜3～4个。
一般入贮初期窖内温湿度偏高，应注意打开门窗及时降温排湿。如能在窖的一端设排气扇，另一端安装离心式吹风机，利用新疆地区9～10月间的夜间低温进行通风，则降温排湿效果良好。贮藏中后期，窖内温度达到要求，但空气相对湿度常常偏高，因而要适时通风降湿并采取一些其他的降湿措施。由于哈密瓜对高湿度颇为敏感，当空气相对湿度超过85%时，腐烂率便会明显增加，因此，贮藏期间的空气相对湿度以不超过85%，而在60%～80%为宜。
在贮藏期间，应每隔7～15天对全部贮藏的瓜进行检查，发现过熟或腐烂的瓜应及时剔除。此外，如在入贮前结合使用一些专用的甜瓜保鲜剂，也会明显地降低贮藏期间的腐烂率，从而达到延长贮藏期、提高商品率的目的。
架藏是在窖内设3～4层宽50厘米、长不定的固定木架或铁架，每层之间的距离约为50厘米，各水平支撑结构之间铺放木板。然后，将欲贮藏的哈密瓜水平摆放在各层木板上，注意只能单层排列，且瓜与瓜之间要留有5～10厘米左右的空隙。贮藏期间定期检查、翻转，以防止与搁板接触部分腐烂。贮藏期间的管理同吊挂贮藏。
其他辅助措施如辐射、空气放电、保鲜剂涂料等都可有助于哈密瓜的贮藏保鲜。
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