辣椒各个不同生育期，所吸收的磷、氮、钾等的数量也是不同的，一般从初花到盛花结果是辣椒营养生长、生殖生长的旺盛时期，也是氮肥和吸收养分多的时期，到盛花至成熟期，辣椒的营养生长就比较弱了，这个时期对磷、钾的需要量是多；在采摘成熟后，为了及时的促进枝叶生长发育，这时期一般都需要大量的氮肥。
根据辣椒需肥规律和土壤肥力的高低，温室辣椒施肥诀窍在于重施基肥巧施追肥，具体施肥应把握以下原则：
一、重施有机肥。多施一些腐熟好的有机肥（如鸡粪）。老龄大棚，可增施一些酵素菌肥类生物有机肥。土传病害（特别是死棵病）严重的大棚，应增施一些芽孢杆菌类生物有机肥。
二、合理选用化肥。化肥作底肥用时尽量选用单质肥料，如尿素、过磷酸钙、硫酸钾。追施复合肥时尽量选用含硝态氮复合肥。在育苗、移栽、定植期施用真根，生根快、毛根多，可缩短辣椒缓苗时间增加幼苗对不良环境的抵抗能力。辣椒连续坐果能力，落花少，产量高，提升品质。
三、合理的分配基肥和追肥的比例。一般情况下，微肥、有机肥、80%的磷肥、30%的氮肥和50%的钾肥混匀后做基肥，其余20%的磷肥、70%的氮肥和50%的钾肥都作为追肥来使用。一般对部分微量元素如（硼砂）可叶面喷施。
