嫁接苗的砧木不仅对接穗的适应能力、抗逆性有显着影响，同时对柑橘植株的树冠形状、高矮、结果早晚、产量、品质等都影响巨大。若砧木品系选择不妥，不仅难于管理，加强栽培成本，后期甚至发生死树征象，引起前功尽弃。
一般来说，优异砧木需要具备的条件是：适应和抗性好；亲和力高；对接穗品类的成长、产量、品质等有良好的影响；丰产、果实种子多，且为多胚类型；易繁育、成长快。
枳：利用最多、最广。
特征：茎皮厚，易嫁接，成活率高。抗寒、抗旱、抗瘠，可提早结果，用作砧木的话树体多矮化。抗脚腐病、流胶病、线虫病，但不抗裂皮病、碎叶病，不耐盐碱。枳与其他柑橘易杂交，天然的杂种有枳橙、枳柚等，也具有显著的抗寒性。
适用于：温州蜜柑、甜橙、椪柑、瓯柑、金柑、华脐、梁平柚、五步柚、晚白柚等。
不适用于：本地早、柳橙、蕉柑、汤姆森脐橙、麻豆文旦、八朔蜜柑、尤克力柠檬、马叙无核葡萄柚、邓肯葡萄柚。
枳橙：枳和橙的属间杂种。
特征：根系发达，半矮化，成长旺、新苗成长迅速，耐寒耐贫瘠，抗病力强，有的品类抗衰退病。
适用于：甜橙、温州蜜柑、本地早、椪柑、葡萄柚等。
红柠檬：广东常用砧木。
特性：根系发达，吸肥能力强，苗期成长快，进入结果期最早，单株产量高。耐湿耐盐碱、抗速衰病，适合潮湿沙壤。不耐旱、不抗流胶病和疮痂病，寿命较短。
适用于：甜橙、椪柑、金柑等。
酸橘：主产广东，用作砧木的有黄皮酸橘和红皮酸橘。
特征：接后成长壮、根系发达，耐旱耐湿，寿命长、产量稳定，大小年征象不显着，果实品质优异。苗木初期成长较慢，早先成长快速，土壤适应性强，抗风力强。黄皮酸橘抗脚腐病。
适用于：甜橙、蕉柑、椪柑等。
不适用于：温州蜜柑，易得青枯病，常大片死亡。
香橙：以长江流域分布较集中。
特性：一般树势较强，根系深，寿命长，抗寒、抗旱，较抗脚腐病，较耐碱。
适用于：温州蜜柑、甜橙、柠檬等。亲和力好，结果较枳稍晚，但后期产量高。
嫁接苗的砧木不仅对接穗的适应能力、抗逆性有显着影响，同时对柑橘植株的树冠形状、高矮、结果早晚、产量、品质等都影响巨大。
