食用菌种植过程中，制种是关健的一环。而在菌种的制作过程中，操作不妥，消毒不彻底等起因会引起杂菌的侵入，污染菌种，使食用菌商品率降低，郊益降低。下面就食用菌生产常见的杂菌及防治和治疗方法介绍如下。
一、青霉菌
是最常见的一杂菌。污染后在培养基上展现小而单独的绿色粉末状霉斑。该菌分布极广，依靠空气中的分生孢子附着在未经彻底消毒而潮湿的材料上传播。
防治和治疗方法
（1）培养料要严格消毒。（2）接种时.要严格掌握无菌操作技术。（3）增加通风、降温、降湿。（4）局部污染可用5%-10%石灰水冲洗。
二、木霉菌
重要是绿色木霉或康氏木霉。靠出现于腐烂的木材、种子、植物残体、堆肥土壤等有机质培养料中和浮游在空气中的孢子进行传播。该菌喜酸性，温度达25-30摄氏度,空气相对湿度80%-90%时容易形成，能在3-5天内由点片扩展到整个料面。木霉常与青霉混生，二者菌丝颜色相似，区别处是青霉由白向绿或淡黄色转变，而木霉菌丝开始为白色，出现绿色孢子后变为绿色或铜绿色，并逐渐加深。木霉菌的纤维素酶活性强，能分解纤维素，重要出现于室内锯木屑等木质素纤维充盈的培基中。因其成长快速，除与食用菌争夺养分外，还分泌毒素，所以常与食用菌丝体间发生对峙的“岛屿状”“拮抗线”控制食用菌菌丝的成长。
防治和治疗办法
（1）培养料严格消毒，彻底消灭培养料中的菌丝及孢子；做好无菌操作，增加通风、降温。（2）消毒时甲醛用量不宜过量，避免酿成酸性环境。（3）培养基上有木霉时，准时局部涂75%酒精、15%漂白粉液，50%多菌灵200倍液，喷1%-5%的石灰水或撒白灰粉再行挖除，后用石灰水涂抹。处理时最好将菌种袋（瓶）搬到室外，避免孢子飞散。产生木霉后，严禁任意打开瓶盖或揭开薄膜，防止蔓延。使用塑料袋制种时，培养时期不宜过量的移动。（4）准时揭除未萌发的菌种块。（5）菌种瓶及菌种袋的棉塞不能受潮，培养室坚持干燥清洁。（6）母种要纯正。（7）拌料时每千克干料加入25%(或5%)的多菌灵2克或75%的甲托1克。
三、毛霉、要霉和曲霉
毛霉又名长毛菌，重要产生室内种植菇（耳）的初期培养基上和菌种上。菌丝初期呈白色或灰白色，后转为淡黄色。菌丝稀疏、粗壮，一根根看得清楚。培养料含水量愈大，出现愈重。分解淀粉能力强，成长甚快。在料面上交错成长，产生疏松的针状长毛，约经3天，可覆盖整个料面，隔绝氧气，争夺养料、水分、并分泌毒素，影响食用菌菌丝的成长。40小时左右后，能出现大量黑色孢子。根霉与毛霉相似，唯在培养料中无显著菌丝，仅平贴基物表面葡萄成长，无气生菌丝。曲霉在培养料含水量偏低，温度又高时容易形成。菌丝初期为白色棉絮状，后转为黄色，温度达27摄氏度以上时形成大量孢子，因菌种区别，而有黑、黄绿、橘黄和橘红等颜色，扩散极快。毛霉、根霉和曲霉分布很广，土壤、肥料、空气中都有孢子。
防治和治疗办法
（1）彻底消毒、灭菌，搞好无菌操作。（2）拌料时每千克干料加入25%（或50%）的多菌灵2克，或75%的甲基托布津1克。
四、链孢霉菌
又叫好嗜脉孢霉菌，各级菌种生产过程中都能为害。特别是当气温高，湿度大进容易产生。该菌在自然中分布很广泛，各种有机质，如玉米芯、玉米、棉籽壳、废棉等容易出现。到处都有它的分生孢子飘浮。当其沉降到有机物表面后，很快萌发现菌丝。菌丝蔓延很快，初呈灰白或黄色，纤细，向下快速成长，并长到棉塞上。在棉塞外，发生大量淡红色呈粉状的分生孢子，堆积成成团，厚度达1厘米许，故又称红粉菌。稍受震动，孢子便散放到空气中，到处传播。
防治和治疗方法
（1）搞好环境卫生，废培养料要深理。（2）培养料彻底灭菌，棉塞不可受潮，受潮后准时替换。菌种瓶（袋）要无破坏。（3）接种室要彻底消毒，严格遵守无菌操作规程。（4）地表撒石灰，必要时瓶口棉塞上也撤石灰，坚持干燥。（5）发现后及进剔除、烧毁，并用75%可湿必托布津500倍液喷洒，或每立方米空间用10毫升甲醛熏蒸。
