大部分盐渍化土壤中，土壤有机质含量低，矿质养分不均衡，微量元素缺乏，作物所必需的矿质元素因土壤PH值较高而形成沉淀难以被作物吸收利用，从而导致农作物营养缺乏。盐碱地小麦要高产，施肥是关键。主要掌握以下原则：
一、坚持以有机肥为主
农谚说：“碱大吃苗，肥大吃碱。”这里所说的肥即指有机肥料，给盐碱地增施有机肥料，能增加土壤中有机质含量，使农作物在整个生育过程中得到全面营养，而且提高土壤保肥能力和对酸碱及有害离子的缓冲能力，降低土壤中盐分与PH值，减轻盐碱对农作物的为害，促进土壤熟化。一般来说，每亩盐碱地应施有机肥3～4立方米，并要坚持每年秸秆还田。在当前有机肥料不足的情况下，种植绿肥是解决脱盐问题的重要途径。
二、合理选用化肥种类
化肥大多数是盐类，有酸性、碱性、中性之分。酸性、中性化肥可以在盐碱地上施用。而碱性肥料则应避免在盐碱地上施用。如尿素、碳酸氢铵、硝酸铵等在土壤中不残留任何杂质，不会增加土壤中的盐分和碱性，适宜在盐碱地上施用；硫酸铵是生理酸性肥料，其中的铵被小麦吸收后，残留的硫酸根可以降低盐碱的碱性，也适宜施用；草木灰等碱性肥料，就不适宜在盐碱地上施用；给盐碱地小麦施用磷肥时，应选用过磷酸钙。而钙镁磷肥是碱性肥料，在盐碱地上施用，不仅没有效果，还会导致土壤碱性加重。
三、注意配合施用有机肥料
这样既可以补充多种营养，又有利于降低土壤溶液浓度，减轻由于施用化肥而引起盐碱为害。施肥要注意多次少量施用，以免土壤溶液浓度骤然过高，影响小麦吸收和生长。铵态氮肥在盐碱地上施用易引起氨的挥发。因此，一定要深施埋严。盐碱地地温低，微生物活动减弱，有效磷释放少，常表现缺磷，增施磷肥可以显著增产，施肥方法是做底肥深施。
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