湘莲子生长过程中病虫发生较少，在防治上尽量采用人工捕捉，适量使用生石灰。
蚜虫：发现荷笔、荷梗（叶柄和花柄的总称）、荷叶上聚集有蚜虫时，摘除病叶，踩入泥里。药物防治：在5月下旬每亩用10%的蚜虱净可湿性药剂15克稀释3000—5000倍液喷施防治蚜虫。
斜纹夜蛾：每年一般以6—8月为发生期。
防治方法：发现有斜纹夜蛾卵块的荷叶及时人工摘除。摘有虫的荷叶，并将其捏死，踩入泥里。
湘莲腐败病：莲腐败病是湘莲生产上的一种病害，若防治不力，一般莲田减产20—30%，重病莲田几乎绝收，主要以预防为主，药剂防治无效果。
治理措施：①选用不带病的种。到没有发生湘莲腐败病的田中取种，这是根治湘莲腐败病的关键措施。②土壤消毒。在夏季莲田翻耕时，每亩施生石灰50—75公斤进行土壤消毒。③种藕消毒。在每年的莲藕移植前，用绿亨一号可湿性粉剂稀释3000—5000倍液于水缸中浸种20小时，彻底清除病菌。④提高栽培技术。许多抗病品种在不良的栽培条件下，会显著地降低抗病性，因此，提高栽培技术是防病的重要一环。一是合理施肥。施足基肥，重施追肥。原则是集中深施苗肥，适施始花肥，重施花、逢肥，巧施后劲肥。二是科学管水。原则是浅水长苗，深水开花结实。即苗期水深5—10厘米，花期水深20厘米，结实黑籽期水深30厘米。⑤发病治理。在始病期全田撒施生石灰（无病田不用）。⑥实行轮作。
表现症状：湘莲腐败病在5月下旬—6月中旬发生，主要为害藕鞭、节、根，逐渐使维管束萎蔫导致整株死亡。开始发病时先从基部（地下部分）起，根、茎（鞭、节）变黑逐渐腐烂，然后叶柄维管束变黑褐色，直到向下折，萎蔫枯死，造成死蕾、死蓬，或结实率降低；地下部分表现为叶片边缘3—5厘米处水渍状晕圈，逐渐扩大。
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