一、西芹软腐病
重要产生于叶柄基部或茎上。先发生水浸状、淡褐色纺锤形或不规则形凹陷斑，然后呈湿腐状，变黑发臭，只残留表皮。病原细菌在土壤中越冬，从伤口侵入，借雨水或灌溉水传播蔓延。湿度大时发病重，有时和冻害或其他病害混发。
防治和治疗方法：实行3年以上轮栽；移栽、松土或除草时防止伤根；雨后准时排水；发现病株准时挖除，并撒入石灰消毒；发病期减少浇水或暂停浇水；发病初期用72%农用硫酸链霉素3000倍液喷雾防治和治疗，隔7-10天喷1次，间断防治和治疗2-3次。
二、西芹斑枯病
重要为害叶子。刚开始发病的时候，叶子病斑呈圆形或不规则形，边缘显著，黄褐色，中间灰白色，上散生黑色小点。冷凉、高湿、多雨或植株衰弱时发病重。
防治和治疗对策：增加田间管理，施足基肥，合理追肥，增强植株抗病力；要小心降温排湿，缩小昼夜温差，减少结露，不要用大水漫灌，可采用膜下暗灌；发病时，能够喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1千克，也能够喷75%百菌清可湿性粉剂600倍液、60%琥·乙膦铝可湿性粉剂500倍液、47%加瑞农可湿性粉剂500倍液，隔7-10天1次，间断防治和治疗2-3次。
三、西芹菌核病
重要为害芹菜茎、叶。受害部初呈褐色水浸状，湿度大时出现软腐，表面生出白色菌丝，后出现鼠粪状黑色菌核。菌核萌发温度5摄氏度-20摄氏度，15摄氏度最适宜，相对湿度85%以上时该病易出现和流行。
防治和治疗对策：实行3年轮种；发病初期喷洒50%速克灵或50%扑海因或70%甲基托布津可湿性粉剂600倍液或50%多菌灵可湿性粉剂500倍液。发病后喷撒5%百菌清粉尘剂，每亩每次1千克。
四、西芹病毒病
芹菜全株都能够感病毒病。初期叶子皱缩，呈浓、淡绿色斑驳或黄色斑块，体现为显著的黄斑花叶。严重时全株叶子皱缩不长或黄化、矮缩。病毒在田间重要经过蚜虫传播，也可经过人工操作接触摩擦传毒。种植管理条件差、干旱，蚜虫数量多发病重。
防治和治疗办法：做好蚜虫的防治和治疗工作，可用黄板诱杀；增加肥水管理，促使植株成长健壮，提升植株抗病力；进行叶面喷肥，也可提升耐病性；发病初期喷洒1.5%植病灵乳剂1000倍液或20%病毒A可湿性粉剂500倍液。
