西瓜嫁接种植必需选用优异的砧木种类，才能达到防病和早熟增产的成效。砧木的选择依据，重要应从四个方面考虑：
(1)砧木与西瓜的亲和力
嫁接亲和力，是指嫁接后砧木与接穗(西瓜)愈合的程度。嫁接亲和力可用嫁接后的成活百分率表示。嫁接后砧木很快就与接穗愈合，成活率高，则表明该砧木与西瓜的嫁接亲和力高；反之则低。共生亲和力，是指嫁接成活后两者的共生情况，通常用嫁接成活后，嫁接苗的成长发育速度、生育正常与否、结果后的负载能力等来表示。为了在苗期判断共生亲和力，则可使用成活后的幼芽成长速度为指标。嫁接亲和力和共生亲和力并不一定一致。有的砧木嫁接成活率很高，但进入结果初期便体现不良，甚至有些植株忽然凋萎，体现共生亲和力差。据湖南园艺研究所、沈阳市农业科学研究院、河北农业大学和青岛市农业科学研究所报导，瓠瓜、葫芦、新士佐南瓜(F1)、黑籽南瓜、野生西瓜等均有较好的亲和性。
(2)砧木的抗枯萎病能力
引起西瓜出现枯萎病的病原菌中，以西瓜菌和葫芦菌为最主要。因此，所用砧木必需同时能抗这两种病原菌。但葫芦不抗西瓜菌，因而不是绝对抗病的砧木，而南瓜则体现兼抗这两种病原菌，因而南瓜是可依靠的抗病砧木。选用的抗病砧木应能达到100％的植株不形成枯萎病。
(3)砧木对西瓜品质的影响
差别的砧木对西瓜的品质有不一样的影响。差别的西瓜品类，对同一种砧木的嫁接反应也不完全一样。西瓜嫁接种植，务必选择对西瓜品质基本无不良影响的砧木，适宜的砧／穗组合。一般南瓜砧有使西瓜果实的果皮变厚、果肉纤维素多、肉质变硬的作用，并可能引起含糖量降低，而西瓜共砧或葫芦砧较少有此征象。
(4)砧木对不良条件的适应能力
在嫁接种植状况下，西瓜植株在低温环境中的成长能力(低温伸长性)、雌花发生早晚和在低温下稳定座果的能力(低温座果性)，以及根群的扩大和吸肥能力，耐旱性和对土壤酸度的适应性等，都受砧木固有特征的影响。差别砧木的特点及其影响也不相同。因此，要按照需要来选用适宜的砧木，这是获得西瓜早熟丰产和优质的关键之一。在春天早熟种植状况下，由于春天温度低，应选用低温伸长性和低温座果性好，对不良环境条件适应性强的砧木。
