一、脱毒种薯的收获 脱毒种薯要适期收获，一般以10月下旬、日平均气温在15摄氏度左右时收获为宜。如果收获期过晚，脱毒种薯在田间受冻，其抗病能力差，贮藏前期易腐烂。应选择晴暖天气，于上午刨收种薯晾晒，当天下午入窖；如当天不能入窖，须堆起覆盖过夜，以防种薯受冻。收获时.要做到轻刨、轻装、轻运、轻卸，尽量减少种薯破坏。入窖时.要严把质量关，把有损害、病虫、龟裂和重量小于100克及不符合本品系特点特点的种薯剔除出来。
二、贮藏窖的预备 选择避风向阳，地势高燥，土质坚实，地下水位低，运送管理方便，排水条件良好的地方建窖。若用旧窖贮藏，必需彻底打扫消毒，消毒办法是：用铲刮去窖内一层表土，然后用生石灰、福尔马林液、多菌灵液喷洒或硫磺熏蒸消毒。种薯进窖前，须在地表及四周铺上一层玉米秸秆，不仅可减少种薯破坏，而且可汲取多余水分。
三、种薯窖的管理 种薯入窖后1-20天为贮藏前期，由于此期气温较高，种薯呼吸作用强，排出的水分多，湿度大，窖温易升高，应小心准时打开门窗和通气孔进行降温散湿。待窖温降至13-15摄氏度时，要立刻关闭门窗，调节通气孔，防窖温急剧降低。从种薯入窖20天后至第二年2月上旬为贮藏中期，此期气温低，种薯易受冻害，因此除了要关闭好门窗和通气孔外，还要在门窗外加防寒棉帘或在种薯上加盖保湿草苫，使窖内温度坚持在11-13摄氏度之间。2月中旬早先为贮藏后期，此期气温、地温虽回升快，但常常寒流较多，气温不稳定，而通过长期贮藏的种薯生理机能又较差，尤其对低温较敏感。因此后期应以稳定窖温为主，使窖温坚持在13-14摄氏度的范围内。总之，种薯贮藏期内窖温不能低于9摄氏度，低了种薯易受冻害；不能高于15摄氏度，高了种薯会发芽，并易形成甘薯软腐病，下降种薯的出窖率。窖内湿度维持在75%-85%之间。贮藏期如发现病烂薯，应准时清理出窖，并在坏烂薯处洒些粉状杀菌剂或生石灰进行消毒，以防病害蔓延；若病烂薯较多，可轻翻薯堆取出烂薯，切记不可倒窖。
