1.微冻贮藏与菠菜冻藏相似，在风障北侧建半地下式冻藏窖。窖宽200厘米左右，四周建有高100厘米、厚50-70厘米的土墙。在盖土建南墙时，在墙中央每隔80-100厘米立一根直径为15厘米左右的木杆，墙建成后拔出木杆，即产生一排垂直的通风筒；再在通风筒的底部横穿窖底挖宽为25-30厘米的通风沟，加上北墙贴地表挖的进风口，构成L形的通风系统。在通风沟上铺一层秫秸、再铺一层细土，就可把成捆（每捆10kg左右）芹菜根向下地斜放入窖内，装满后在其上面盖一层细土，使叶子似露非露。随气温降低可逐渐加强覆盖的土层，其厚度约15厘米左右。气温在～10摄氏度以上时，敞开通风系统；到了～10摄氏度以下时，堵塞北墙外的进风口，经过调控使沟温维持在～1-～2摄氏度，这时菜叶间可展现出白露，而叶柄和根部不结冻。需要上市时，可从窖中取出，先放在0-2摄氏度的环境下面缓慢解冻，待恢复新鲜状态即可整修上市；或在出窖前5-6天拔去南侧遮荫障，而改设在北面，其上覆盖薄膜。待土化冻后一层层地铲去，最后留一层薄土呵护芹菜，使之缓慢解冻。后一种办法损耗小，成效较好。
2.假植贮藏北方地区普遍采用此法贮藏。先挖宽、深各为70-150厘米的假植沟，再把芹菜连根带土铲下，以单、双株或成簇假植在沟内。株、行之间应恰当留有通风孔隙，以便通风散热。还可每隔100厘米左右，在芹菜间横架一束秫秸，或在沟帮两侧按恰当距离挖通风道。假植后要灌水浸没根部，早先按照土壤商情可适期灌水。覆盖物与菜间应坚持一定孔隙或在沟顶作稀疏棚盖，以便投入个别散射日光而进行微小的光合作用。在整个贮期，沟温应维持在0摄氏度左右。
3.冷库贮藏一般采取自发气调法贮藏，库温抑制在0摄氏度、相对温度坚持在95%以上，详细办法可参见菠菜冷库贮藏。采用此法本芹可贮藏1个多月；西芹的耐贮性更大，在相同的条件下可贮2个来月。
4.运送及包装芹菜的运送多为公路或铁路。应采用保温车，在适宜的温、湿度条件下运送。芹菜植株长而脆嫩，易折断酿成机械损伤，要求采用较长型的竹筐包装，严防挤压。
