芹菜因缺钙而发生的心腐病是引起芹菜烂心死棵的重要 因素。芹菜缺钙时，成长点的幼嫩组织初为褐色至深褐色，后变黑枯死，同时病害向下延伸到茎基部和根部，致使茎表面变褐干枯，剖开成长点后可见内部中空，呈褐色干腐状，略有酸味。同时植株的根系变黄褐色至黄棕色，根系数量减少。
当芹菜因缺钙出现烂心时，许多菜农也小心为芹菜补充钙肥，但却没有取得显著的成效，这是.因为菜农没有在补充钙肥的同时为芹菜补充硼肥。许多菜农认为芹菜又不开花不结果，没有必要为芹菜补充硼肥。研究证明，如果芹菜缺硼，即使补充再多的钙肥也不能被芹菜汲取应用，因此在为芹菜补充钙肥的同时，一定要小心补充硼肥。菜农能够经过叶面喷施0.3%的硝酸钙溶液混0.2%的硼砂溶液进行预防。同时，菜农应减少氮肥，尤其是铵态氮的应用量，恰当加强钾肥用量，以利于钙的吸取应用。
引起芹菜出现烂心死棵的另一个重要 因素是细菌性软腐病。但它重要形成在叶柄的基部或茎上，症状体现为水浸状、淡褐色纺锤形或不规则形的凹陷斑，后呈湿腐状，变黑发臭。菜农在防治和治疗时能够应用12%松脂酸铜500倍液或47%加瑞农600倍进行防治和治疗。菌核病也可引起芹菜形成死棵。菌核病重要从芹菜依靠近地表的叶柄基部和根茎部侵害，引起受害位置呈水浸状腐烂，湿度大时可见白色菌丝，后产生鼠粪状黑色菌核。菜农能够应用40%的菌核净800倍液或50%的异菌脲 1000倍液、或20%克菌星（有用成分过氧乙酸和多抗霉素等）750倍液，喷洒防治和治疗即可。
