在冬季棚室黄瓜栽培中，黄瓜易生霜霉病、细菌性角斑病和黄瓜靶斑病，尤其是近几年，病害发展迅速，难以控制。黄瓜霜霉病与细菌性角斑病的症状基本相同，发病初期叶背面出现水浸状病斑，病斑逐渐扩大，受叶脉限制，呈多角形褐色病斑，后期湿度大时霜霉病病斑上长出灰黑色的霉层，细菌性角斑病则有白色菌脓流出。
对于防治黄瓜霜霉病的药物市面上有很多种，例如普力克、阿米西达、烯酰吗啉等药剂都可以用于霜霉病的防治，细菌性角斑病可以使用铜制剂、抗生素类杀菌剂和叶枯唑等药剂进行治疗，对于上面两种病害，“防”病措施要合理，尤其是黄瓜霜霉病，由于菜农们用药的浓度大，用药重复等情况导致病菌的抗药能力不断地增强。专家建议在防病时应以保护性杀菌剂为主，发病后要不断更换药剂来降低病原菌的抗药性。
黄瓜靶斑病是近几年来在黄瓜上高发的病害之一，病斑初期是个透明的小点，在阳光下观察会发现病斑中心有一个针尖大小的小黄点，后期病斑发展受叶脉的限制也呈不规则的多角形，对于发病的植株可以使用33.5%喹啉酮750倍液混加80%福美双500倍液进行叶面喷施。
黄瓜病害除药物防治以外，棚室管理是不容忽视的。首先要做好棚室内部环境的调控，一般白天温度应控制在25~30℃，夜间最低温度应保持在12~15℃。同时要加强通风排湿，即使低温的时候，在棚内温度允许的情况下也应尽量拉开风口。同时注意这段时间应减少浇水，使用百菌清等烟剂熏棚，降低棚室的湿度。连阴天也应尽量拉开草帘子，使黄瓜接受散射光。
