柠檬果实贮藏期间的真菌病害主要有：黑腐病，酸腐病，蒂腐病，青、绿霉病，炭疽病。
⑴蒂腐病：分为褐蒂腐和黑蒂腐两种，其症状相似，但褐蒂腐病斑与健康组织间无明显界限，后期有发酵味。黑蒂腐病斑与健康组织间有明显界限，后期有恶臭味。病菌从果蒂处侵入果实组织，初期病斑为水渍状，病斑不断扩大，逐渐变为褐色或黑色，腐烂穿过果实中心的速度比沿果皮发展快。在多雨潮湿的产区或年份发生尤为严重。
⑵黑腐病：最初症状是果蒂变黑，病菌沿果实中柱向下发展，凡菌丝所到之处，即变黑腐烂。在果实生长发育期间，黑腐病菌多存在于果蒂处，在果蒂组织被破坏之前，不能侵入柠檬组织内部。任何使果实衰弱的条件如不适的环境、采收过迟或长期贮藏都会增加果实对黑腐病的敏感性。
⑶绿霉病：是指青霉菌和绿霉菌所致的两种贮藏病害。其发病过程和症状相似，初期果皮表面变软，出现水渍状斑，随病斑的扩展病部长出白色菌丝，很快转变为青色或绿色的霉层，从开始发病到全果腐烂只需1-2周。病菌通过分生孢子靠接触或随气流传播。从伤口、裂口侵入，故最根本的防止措施是减少机械损伤。世界上所有商品性的柑橘产区，青、绿霉病都是造成采后腐烂最普遍的原因。
⑷酸腐病：最初症状是微凸的水渍状浅黄色至黄色斑点，病菌主要在果实内部生长，到后期，果实内部组织全部分解成酸味的水渍状的胶粘物。在24-29℃下，从侵染到全果腐烂只需5天，相邻的果实也会接触感染，病菌从伤口入侵。
⑸炭疽病：发病开始于蒂端，最初的外部症状是灰色至褐色斑点，以后斑点迅速扩大，有时延及整个果实。在潮湿条件下，表面出现粉红色孢子，以后孢子群变为褐色至黑色，直到后期病菌才侵入果肉深处。主要感染宽皮橘类，柠檬果实偶有发生，潮湿的地区和年份发病严重。病菌在果园的枯枝或弱枝上生长，并从那里传播至果实，通过果皮破裂处或枯死的果蒂进入果实内。
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