有机辣椒生产应从作物一病虫草害整个生态系统出发，综合运用多种防治措施，创造不利于病虫草害滋生和有利于各类天敌繁衍的环竞条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少各类病虫草害所造成的损失。采用综合措施防控病虫害，露地蔬菜全面应用杀虫灯融性诱剂，设施蔬菜全面应用防虫网、黏虫色板及夏季高温闷棚消毒等生态栽培技术。
1.农业防治
冬耕冬灌，冬季白茬土在大地封冻前进行深中耕，有条件的耕后灌水，能提高越冬蛹、虫卵死亡率。
幼苗期，育苗用无病苗床、苗土，培育无病壮苗，露地育苗苗床要盖防虫网，保护地育苗通风口要设防虫网，防止蚜虫、潜叶蝇、粉毛进入为害传毒，出苗后要撒干土或草木灰填缝。加强苗期温湿度管匿，改善和改进育苗条件和方法，选择排水良好的地作苗床，施入的}机肥要充分腐熟，采用营养钵育苗、基质育苗，出苗后尽可能少浇水，在连阴天也要注意揭去塑料覆盖，苗床温度白天控制在25～7℃，夜间不低于15℃，逐步通风降湿，发现病株及时拔出销毁。在苗床内喷1～2次等量式波尔多液。苗期施用艾格里微生物肥，有利于增强光合作用和抗病毒病能力。
定植至结果期，选无病壮苗，高畦栽培，合理密植。施足腐熟有机肥，定植后注意松土，及时追肥，促进根系发育。定植缓苗后，每10—15天用等量式波尔多液喷雾。盖地膜可减轻前期发病。及时摘除病叶、病花、病果，拔除病株深埋或烧毁，决不可弃于田间或水渠内。及时铲除田边杂草、野菜。及时通风、降湿、降温，控制浇水，
不要大水漫灌，最好采用软管滴灌法，提倡适时灌水，按墒情浇水，减少灌水次数，田间出现零星病株后，要控水防病，棚室更应加强水分管理，务必降低湿度，通风透光，改进浇水方式，推行膜下渗灌或软管滴灌，应选择晴天的上午浇水，浇水后提温降湿。
2.实行轮作
与非茄科作物实行3年以上轮作，推广菜粮或菜豆轮作。
3.种子处理
选用抗病、耐病、高产优质的品种，各地的主要病虫害各异，种植方式不同，选用抗病虫品种要因地制宜，灵活掌握。种子消毒，可选用1%高锰酸钾溶液浸种20分钟，或1%硫酸铜液浸种5分钟。浸种后均用清水冲洗干净再催芽，然后播种。用10亿个／克枯草芽孢杆菌可湿性粉剂拌种（用药量为种子质量的0.3%—0.5%），可防止枯萎病。
4.土壤及棚室消毒
棚室消毒，即在未种植作物前，对地面、棚顶、顶面、墙面等处，用硫黄熏蒸消毒，每100米s空间用硫黄250克、锯末500克混合后分成几堆，点燃熏蒸一夜。在夏季高温季节，深翻地25厘米，撒施500千克切碎的稻草或麦秸，加入100千克熟石灰，四周起垄，灌水后盖地膜，保持20天，可消灭土壤中的病菌。
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