由于含有多量的粘液和淀粉，如果受潮则易变软发粘， 两个星期左右就会发霉， 皮色变黄， 并最易生虫，故在贮藏过程中应防止湿气的侵入．其具体方法是：宜用木箱包装， 箱内用牛皮纸铺垫， 箱角衬以刨花或木丝， 然後将山药排列整齐装入，上面同样盖纸， 钉箱密封， 置於通风、凉爽、干燥处所．其贮藏处应稍垫高， 离墙堆放，以利通风透气； 梅雨季节之前， 应开箱曝晒， 并用硫磺预熏一次， 在夏季中再熏一次．这样就可以安全度夏； 春末至秋初，应每个星期检查一次．如发现轻微的霉点， 可在阳光下摊晒， 再用刷子、纱布或锉刀除去霉斑， 然後以山药粉拌之，晒干（如太阳过烈， 可在山药上面遮盖薄纸， 以免晒裂发黄）．
一、长期保存
山药在0-4度可以保存3年。如果在37度的温度下，生的可以保存10天左右，熟的半天，山药出苗后怕冻，山药根-10度问题不大。如果需长时间保存，应该把山药放入木锯屑中包埋，短时间保存则只需用纸包好放入冷暗处即可。如果购买的是切开的山药，则要避免接触空气，以用塑料袋包好放入冰箱里冷藏为宜。切碎的山药也可以放入冰箱冷冻起来。
二、短期保存
为确保山药品质，购买后如不马上食用请先将山药妥善处理，以利保存：
1. 山药去皮切块后依每次的食用量以塑胶袋分装，并立即放冰箱上层急速冷冻。
2. 烹调时不需要解冻，俟水烧开后马上下锅，既方便又能确保山药品质。
3. 山药和苹果一样因为富含铁质，切开后出现褐化为正常现象，可安心食用。
三、保存的一般原则
山药保存和土豆、红薯比较类似，放置在通风、阴凉处即可。新鲜山药容易跟空气中的氧产生氧化作用，与铁或金属接触也会形成褐化现象，所以切开山药最好用竹刀或塑料刀片，先在皮上画线后，再用手剥开成段。切口处容易氧化，可以先用米酒泡一泡，然后以吹风机吹干，促使伤口愈合，再用餐巾纸包好，外围包几层报纸，放在阴凉墙角处即可。
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