甜玉米因种子淀粉含量少，籽粒皱缩、凹陷、干瘪、粒重低而引起萌发力低，顶土力差，苗势弱；加之籽粒和新苗鲜甜可口，易遭害虫、田鼠为害，所以缺苗断垄征象时有出现。
常言道“全苗保丰收，缺苗产量丢”。苗齐、苗壮、无断垄是甜玉米获得丰产的前提；而良种、肥土、精细管理则是 保证全苗的关键。
一、缺苗断垄出现的 因素
1、种子本身的 因素 目前生产上利用的甜玉米其基因库中，由隐性单基因抑制的胚乳突变体均属淀粉缺陷型，使淀粉合成酶的活性丧失，抑制了糖类向淀粉转化，引起籽粒含糖量升高，淀粉含量明显降低，因此粒重极低。由于高糖导致高渗，种子不易脱水干燥，因此成熟种子易遭遇冻害，脱水慢也易使种子侵染串珠镰刀菌，被侵害种子出苗率下降。其它甜玉米种子胚乳皱缩使得果皮与胚乳之间有气泡，使种子在加工、运送过程中容易受损，也下降了发芽率。因此甜玉米发芽率、出苗率低，以及苗期成长缓慢是其本身固有属性。此外利用陈旧种子、发育不良的种子或未经精选加工的种子也容易产生缺苗断垄。
2、种植环境不适
①土壤环境：土壤过粘、过沙、过干、过湿和肥力太低等不利要素，也不利超甜玉米发芽和出苗。
②气候环境：昼夜温差不大，病虫害较多，光照不足，气候过湿，湿度太高、太低等都不利于其成长。
③种植技术不妥：田块不平整，土块过大压苗，播种盖土过深、过浅，土壤过渍、过干，未准时排灌，施肥不妥，未准时防治和治疗鼠虫害等也是甜玉米缺苗断垄的 因素之一。
二、重要应对对策
1、选育和选用良种 种子出苗率低，苗期成长势弱是限制甜玉米扩展的重要问题。纵然甜玉米胚乳缺失，淀粉减少，粒重减轻，但很多研究表明，差别的核背景，经过修饰基因，或者是微效多基因，对胚乳突变基因的效应起一定的修饰作用。因此经过适宜的选择，能够积累这些有益的修饰基因或微效多基因，从而削弱胚乳突变基因的不良效应，提升种子发芽率和苗期成长势。生产上应选用籽粒大、粒重高、发育完全良好、通过精选加工的合格种子。
2、种子预备 播前要进行种子处理，目的是提升种子发芽率，避免播后病虫为害，促使苗期正常成长，常用的办法有晒种、药剂拌种、发芽试验(生产要求甜玉米种子发芽率应大于80%)等。
3、土地预备 选择地势崎岖，排灌方便，土壤肥沃的砂壤土为佳。精细整地，使土壤细碎平整，上虚下实。结合整地施足底肥，底肥以腐熟农家肥为主，复合肥和磷肥为辅，用量一般为每亩施农家肥1000～1500 千克、复合肥10～15 千克、过磷酸钙5千克，施用办法重要有沟施、穴施等。
4、提升播种质量 不一样基因型的玉米之间应严格隔离400米以上，错期播种应相差25天以上。适时播种可选在10厘米地温稳定在10摄氏度以上播种，播后浇一次透水，盖土过厚不易出苗，培土过簿、干湿不均，则出苗不匀。地下害虫形成较重的田块每亩用3%米乐尔颗粒剂5千克混细沙撒于种子周围，然后培土3～5厘米。至 5叶期前要小心避免田鼠为害。
5、增加苗期管理
①移苗补缺： 定苗前做好补苗工作，直播的在多余苗处带土移栽补缺，并连日浇水至成活。
②锄草施肥： 出苗前选用苗前锄草剂土壤表面封闭锄草处理，也可人工锄草。苗期约3叶期应追施一次壮苗肥，促小苗早发快长，每亩用腐熟粪尿500千克、尿素20kg、钾肥3～5kg混和穴施。
③防治和治疗鼠虫为害： 播后准时检查，若有鼠害选用灭鼠剂防治和治疗，发现蛴螬、蝼蛄、地老虎等地下害虫为害，可采用敌百虫、乐斯本等药剂拌幼嫩碎菜叶于傍晚撒施于为害点附近诱杀。
④疏苗定苗： 3叶期对玉米苗密度较大的田块应准时进行减苗、疏苗；5叶期定苗，一般每穴留单苗。疏定苗的原则是“去弱苗、虫苗、杂苗，留茁壮苗”。
