有机黄瓜生产应从“作物一病虫草害一环境”整个生态系统出发， 综合运用各种防治措施，创造不利于病虫草害滋生和有利于各类繁衍的环境条件，保持农业生态系统的平衡和生物多样化，减少病虫草害所造成的损失。采用综合措施防控病虫害，露地黄瓜全用杀虫灯和性诱剂，设施黄瓜全面应用防虫网、黏虫板及夏季高棚消毒等生态栽培技术。黄瓜主要病害有猝倒病、立枯病、霜霉病白粉病、细菌性角斑病、炭疽病、黑星病、枯萎病、蔓枯病、灰霉病、病毒病、根结线虫病。主要虫害有蚜虫、黄守瓜、叶螨、白粉虱、烟粉虱、潜叶蝇、蓟马等。
1.合理轮作
进行合理轮作，选择3～5年未种过瓜类及茄果类蔬菜的田块、 棚室种植，可有效减少枯萎病、根结线虫及白粉虱等病虫源。
2.土地及棚室处理
消灭土壤中越冬病菌、虫卵，入冬前灌大水，深翻土地，进行冻垡，可有效消灭土壤中有害病菌及害虫。春季大棚栽培，提早扣棚膜、烤地，增加棚内地温。选用流滴薄膜。
3.种子处理
播种前对种子进行消毒处理。用100万单位硫酸链霉素500倍液浸种2小时后洗净催芽可预防细菌性病害。还可进行种子干热处理，将晒干后的种子放进恒温箱中用70℃处理72小时能有效防止种子带菌。
4.嫁接育苗
嫁接育苗可防止枯萎病等土传病害的发生。如培育黄瓜，砧木采用黑籽南瓜、南砧1号等。嫁接苗定植，要注意埋土在接口以下，以防止嫁接部位接触土壤产生不定根而受到侵染。
5.培育壮苗
育苗床选择未种过瓜类作物的地块，或专门的育苗室。从未种植过瓜类作物和茄果类作物的地块取土，加入腐熟有机肥配制营养土。 春季育苗播种前，苗床应浇足底水，苗期可不再浇水，可防止苗期猝例病、立枯病、炭疽病等的发生。适时通风降湿，加强田间管理，白天增加光照，夜间适当低温，防止幼苗徒长，培育健壮无病、无虫幼卣，苗床张挂环保捕虫板，诱杀害虫。夏季育苗，应在具有遮阳、防虫设施的棚室内进行。
6.田间管理
定植时，密度不可过大，以利于植株间通风透气。栽培畦采用地漠覆盖，可提高地温，减少地面水分蒸发，减少灌水次数。棚室内栽培，灌水以滴灌为好，或采用膜下暗灌，以降低空气湿度。禁止大水漫灌。棚室内浇水寒冷季节时应在晴天上午进行，浇水后立即密闭棚室，提高温度，等中午和下午加大通风，排除湿气。高温季节浇水， 在清晨或下午傍晚时进行。采收前7～10天禁止浇水。多施有机肥， 增施磷、钾肥，叶面补肥，可快速提高植株抗病力。设施栽培中，棚室要适时通风、降湿，在注意保温的同时，降低棚室内湿度。冬春季节，开上风口通风，风口要小，排湿后，立即关闭风口，可连续开启几次进行。秋季栽培，前期温度高，通风口昼夜开启，加大通风，晴天强光时，应覆盖遮阳网遮阴降温。及时进行植株调整，去掉底部子蔓，增加植株间通风透光性。根据植株长势，控制结瓜数，不多留瓜。
7.清洁田园
清洁栽培地块前茬作物的残体和田间杂草，进行焚烧或深埋，清理周围环境。栽培期间及时清除田间杂草，整枝后的侧蔓、老叶清理出棚室后掩埋，不为病虫提供寄主，成为下一轮发生的侵染源。
8.日光消毒
秋季栽培前，可利用日光能进行土壤高温消毒。棚室栽培的，利用春夏之交的空茬时期，在天气晴好、气温较高、阳光充足时，将保护地内的土壤深翻30～40厘米，破碎土团后，每亩均匀撒施2～3厘米长的碎稻草和生石灰各300～500千克，再耕翻使稻草和石灰均匀分布于耕作土壤层，并均匀浇透水，待土壤湿透后，覆盖宽幅聚乙烯膜，膜厚0.01毫米，四周和接口处用土封严压实，然后关闭通风口， 高温闷棚10—30天，可有效减轻菌核病、枯萎病、软腐病、根结线虫、红蜘蛛及各种杂草的为害。
9.高温闷棚
黄瓜霜霉病发生时，可采用高温闷棚抑制病情发展。选择晴天中午密闭棚室，使其内温度迅速上升到44～46℃，维持2小时，然后逐渐加大放风量，使温度恢复正常。为提高闷棚效果和确保黄瓜安全，闷棚前一天最好灌水提高植株耐热能力，温度计一定要挂在龙头处，秧蔓接触到棚膜时一定要弯下龙头，不可接触棚膜。严格掌握闷棚温度和时间。闷棚后要加强肥水管理，增强植株活力。
10.物理诱杀
①张挂捕虫板 利用有特殊色谱的板质，涂抹黏着剂，诱杀棚室内的蚜虫、斑潜蝇、白粉虱等害虫。可在作物的全生长期使用，其规格有25厘米×40厘米、13.5厘米×25厘米、10厘米×13.5厘米三种，每亩用15～20片。也可铺银灰色地膜或张挂银灰膜膜条进行避蚜。
②张挂防虫网在棚室的门口及通风口张挂40目防虫网，防止蚜虫、白粉虱、斑潜蝇、蓟马等进入，从而减少由害虫引起的病害。
③安装杀虫灯可利用频振式杀虫灯诱杀多种害虫。
11.生物防治
有条件的，可在温室内释放天敌丽蚜小蜂控制白粉虱虫口密度， 即在白粉虱成虫低于0.5头／株时，释放丽蚜小蜂黑蛹3～5头／株， 每隔10天左右放一次，共3～4次，寄生率可达75%以上，防治效果好。宜采用病毒、线虫、微生物活体制剂控制病虫害。可采用除虫菊素、苦参碱、印楝素等植物源农药防治虫害。用除虫菊素或氧苦• 内酯防治蚜虫。黄守瓜，可在黄瓜根部撒施石灰粉，防成虫产卵；泡浸的茶籽饼(20～25千克／亩)调成糊状与粪水混合淋于瓜苗，毒杀幼虫；烟草水30倍液于幼虫为害时点灌瓜根。
鱼藤酮：可防治瓜类蔬菜蚜虫、菜青虫、害螨、瓜实蝇、甘蓝夜蛾、斜纹夜蛾、蓟马、黄曲条跳甲、黄守瓜等害虫，对蚜虫有效。 应在发生为害初期，用2.5%乳油400～500倍液或7.5%乳油1500 倍液均匀喷雾，再交替使用其他相同作用的杀虫剂，对该药持久高效有利。
蛇床子素：防治黄瓜白粉病，用1%水乳剂400～500倍液喷雾防治。
浏阳霉素：当黄瓜叶片上发生红蜘蛛及茶黄螨时，应在点片发生时用10%乳油1000～1500倍液喷雾，可在1～2周内保持良好防效。
丁子香酚：用0. 3%可溶性液剂1000～1200倍喷雾，防治瓜类霜霉病、灰霉病、白粉病。
儿茶素：预防黄瓜黑星病时，用1. 1%可湿性粉剂600倍液喷雾。
竹醋液：在黄瓜上应用，每立方米育苗基质中竹醋液添加量为250～500毫升，或苗期用200倍竹醋液灌根，或是在每立方米基质中使用500毫升竹醋液处理育苗基质和栽培基质，并在定植后定期用200 倍液灌根综合处理，能够有效地促进黄瓜叶片、茎粗和株高的生长。 竹醋液综合处理可以显著提高黄瓜产量，降低黄瓜中硝酸盐的含量。健根宝：对黄瓜猝倒病、立枯病和枯萎病有效，主要在育苗、定植及坐果期使用。①育苗时，每平方米用108 cfu/克健根宝可湿性粉剂10克与15～20千克细土混匀，1/3撒于种子底部，2/3覆于种子上面。②分苗时，每100克108cfu/克健根宝可湿性粉剂对营养土100~150千克，混拌均匀后分苗。③定植时，每100克108 cfu/克健根宝可湿性粉剂对细土150—200千克，混匀后每穴撒100克。④进入坐果期，每100克108 cfu/克健根宝可湿性粉剂对45千克水灌根， 每株灌250—300毫升。
木霉菌：防治瓜类白粉病、炭疽病可用1.5亿活孢子／克可湿性粉剂300倍液在发病初期喷雾；防治黄瓜灰霉病、霜霉病等，可用1 亿活孢子／克水分散粒剂600～800倍液喷雾。
多抗霉素：防治黄瓜霜霉病、白粉病，用2%可湿性粉剂1000 倍液土壤消毒，或用10%可湿性粉剂500～800倍液喷雾防治。防治黄瓜枯萎病，用0.3%水剂60倍液浸种2～4小时后播种，移栽时用80—120倍液蘸根或灌根，盛花期再用80～120倍液喷1~2次。也可于发病初期用10%可湿性粉剂400～500倍液灌根，每株灌药液250毫升。
春雷霉素：防治黄瓜炭疽病、细菌性角斑病，用2%水剂400～ 750倍液喷雾。
中生菌素：防治黄瓜细菌性角斑病，用3%可湿性粉剂1000～ 1200倍液喷雾。
水合霉素：防治黄瓜枯萎病，可叶面喷雾88%可湿性粉剂1000 倍液预防，对有瘸株的小畦采取灌根处理控制扩散为害。
宁南霉素：防治黄瓜等瓜类白粉病，用2%水剂稀释200～300 倍液，或8%水剂1000～1200倍液喷雾1～2次。
枯草芽孢杆菌：防治黄瓜的灰霉病及白粉病时，从病害发生初期开始喷药，一般每亩使用10亿活芽孢／克可湿性粉剂600～800倍液喷雾，喷药应均匀、周到。
核苷酸：防治黄瓜霜霉病、炭疽病、白粉病，用0.05%水剂600～800倍液喷雾。
此外，还可用春雷•氧氯铜、高酯膜、武夷菌素、嘧啶核苷类抗生素等防治霜霉病、白粉病。用新植霉素或硫酸链霉素、琥胶肥酸铜、氢氧化铜、春雷•氧氯铜、波尔多液等预防细菌性病害。
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