在食用菌种植中，水分起着为菌丝和菇体供给营养物质的作用，是决意产量高低和迅速转潮的主要要素，大多数数品系的培养料中适宜的含水量为60％-65％，在出菇过程中培养料和空间的水分都逐渐减少，需要准时补充水分。在对菌袋的培养基补水时应当小心以下几个要点：
1.补水量。当第一潮菇采收后，基质养份充足，基质中水分含量还较高时，补水量宜少些；当长过第二潮菇后，基质养分减少，基质中的水分也下降了，补水量就可多些，菌袋浸水的时间就可长个别。
2.补水时使用清洁干净的河水或地下水。不宜利用地面的塘水和沟水，避免杂菌和害虫携带入基质中，引发病虫危害。
3.水温尽可能与菇棚温度一致，不要用冰凉的水。
4.原基、菇蕾上不要喷水。最好用喷雾器补水，喷嘴朝上向空间喷雾增湿。
5.补水后，如菇体上有水珠应通风去掉。否则会给病菌繁育酿成机会，在菇体上产生病斑。
6.菌袋补水是主要的增产办法，重要用于种植周期较长的食用菌。需小心：(1)香菇等转色完成、出菇前就要补水，补到培养料含水量65%左右。(2)多数食用菌在出完一、两潮菇后转潮期进行补水，要先养菌，再补水，补水量抑制在原菌袋重量的80%-90%为好。(3)菌丝稀疏、长势弱、温度低于5摄氏度或料内出现病虫害时不宜补水。(4)三潮菇后补水时，可同时补充养分物质，常用尿素、糖、磷酸二氢钾等。
