僵化苗西红柿幼苗矮小，茎细，叶小，根少，不易生新根，花芽分化不正常，易落花落果，定植后缓苗慢。育苗期间怕徒长，长期控制水分过严，最容易造成秧苗老化。发现僵化苗后要及时浇水，防止苗床干旱，适当提高苗床温度。
猝倒病西红柿猝倒病常发生在幼苗出土后、真叶尚未展开前，发病后病情发展很快，以致子叶还未萎蔫（仍然是绿色）时，幼苗便已经倒伏而死亡。防治方法是选用未种过菜的大田土作床土，床土里拌匀有机肥，必须经过充分发酵腐熟，播种时应用药剂进行床土消毒，播种量不应过大，并应及时分苗。苗期管理时床土不要积水，防止幼苗徒长。发现中心病株及时清除，用代森锌、百菌清、多菌灵等防治。
立枯病立枯病症状是幼茎干枯收缩，导致死亡，幼苗并不立即倒伏，仍保持直立状态，在湿度过高、床土结构不好、通风差的苗床最易发病。提倡采用穴盘和营养钵育苗，注意提高地温，科学放风，适时喷施新高脂膜，可有效防止地上水分蒸发，隔绝病虫害，缩短缓苗期。同时，要及时中耕除草，平衡水肥，追肥要控制氮肥的施用量，增施磷钾肥。及时降低田间湿度，喷施促花王3号抑制主梢旺长，促进花芽分化，提高植株的抗病能力。在开花前、幼果期、果实膨大期各喷施一次菜果壮蒂灵，可提高授粉质量，增强循环坐果率，使西红柿品质提高，稳产优质。
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