在有机四季豆生产过程中禁止使用所有化学合成的农药，禁止使用由基因工程技术生产的产品，所以病虫害防治要坚持“预防为主，防治结合”的原则。具体如下：
在病害防治上：可以用石灰、波尔多液防治菜豆多种病害；允许有限制地使用含铜的材料，如氢氧化铜、硫酸铜防治菜豆真菌性病害；可以用抑制菜豆真菌病害的软皂、植物制剂、醋等防治菜豆真菌性病害；允许使用高锰酸钾作为杀菌剂，防治多种菜豆病害；允许使用微生物及其发酵产品如EM菌防治病害。
在虫害防治上，提倡通过释放寄生性、捕食性天敌（如赤眼蜂、瓢虫等）来防治虫害；允许使用植物性杀虫剂或当地生长的植物提取剂（譬如大蒜、薄荷、鱼腥草的提取液）等防治虫害；可以在诱捕器和散发器皿中使用性诱剂（如糖醋诱虫），允许使用视觉性（如黄粘板）和物理性捕虫设施（如防虫网）防治虫害；可以有限制地使用鱼藤酮、植物源除虫菊酯、乳化植物油和硅藻土来杀虫；允许有限制地使用微生物及其制剂，如杀螟杆菌、Bt制剂等。
1.常见病害
1.1炭疽病
主要症状：在幼苗至采收后期，植株地上部分均可受害,但主要为害豆荚。为害豆荚时，初生褐色小斑点，不久扩展成圆形或近圆形病斑，边缘深红色。严重时，病斑连结成不规则，形成大斑，造成腐烂。
防治方法：农业防治：从无病田、无病荚上采种，购买无病种子。对种子粒筛选，严格剔除带病种子。播种前用45℃温水浸种10分钟。药物防治：可用1∶1∶（160—200）倍的波尔多液喷洒中心病株或用0.1%的高锰酸钾加0.3%竹醋液防治。 一般隔5天—7天喷1次药，连喷2次—3次。喷药要周到，特别注意叶背面。喷药后遇雨应及时补喷。
1.2锈病
主要症状：病害主要发生在叶片上，严重发生时，也为害茎、叶柄和豆荚。初发病时，一般多在叶背出现淡黄色小斑点，稍突出，后为锈褐色，扩大发展成红褐色的夏孢子堆，表皮破裂后，散发出红褐的粉末，此时叶正面，可见到褪绿色斑点。发病后期孢子堆转成黑色，为冬孢子堆。有时叶脉上也能产生夏孢子堆，叶片变形，早落。有时叶面或叶背可见略凸起的白色疱斑，即病菌的锈子腔。种荚染病后，也产生许多夏孢子堆和冬孢子堆。
防治方法：农业防治上采用清除田间病残株，减少病源。合理密植，降低田间湿度。药物防治上同炭疽病。
2.常见虫害
2.1蚜虫
防治方法：可采用保护天敌，如瓢虫、赤眼蜂等杀蚜虫；挂黄板诱杀或用银灰膜驱避；喷洒0.3%百草一号植物杀虫剂1000倍液—1500倍液或0.3%苦参碱植物杀虫剂1500倍液—2000倍液防治；用烟草水杀虫（0.5kg烟草＋石灰0.5kg＋水20kg—25kg密闭，浸泡24小时）叶面喷雾防治。
2.2豆类螟
防治方法：利用天敌如金小蜂、赤眼蜂等杀灭；用性诱剂诱杀；用大蒜汁液叶面喷雾；用0.3%苦参碱植物杀虫剂1500倍液—2000倍液防治；植物源除虫菊酯药液防治。
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