生产金针菇要求采用优良菌种。即要求采用具有优良农艺性状的高产优质品质和采用具有最佳菌龄和典型特征、生命力旺盛的菌种。目前国内生产上普遍使用的金针菇生产品种可以分为三大类型。
第一类是菇体金黄色至浅褐色。这类品种的特点是出菇的适宜温度范围比较宽，容易出菇，出菇早，有时会出现边发菌边出菇的现象，转潮快，出菇的后劲比较足，即后面几潮菇占总产量的比例较高。鲜菇质地脆嫩，菇体色泽对光线比较敏感。
第二类是菇体乳白色至浅黄色。这类品种的特点是出菇对温度反应比较敏感，一般均在18℃以下出菇，出菇较晚，在适宜的温度条件下，一般都是在菌丝发到袋底后再行出菇，其产量主要集中在前期，即第一、第二潮菇。菇体质地鲜嫩柔软，脆性较差。菇体色泽对光线较不敏感。
第三类是整个菇体为纯白色。这类品种的特点是出菇对温度最为敏感，一般超过18℃停止出菇，在出菇期间遇到20℃以上高温容易死菇。出菇较晚，一般情况下，都是在菌丝发到袋底再开始出菇，产量以第一潮菇为主。菇体质地柔软，有一定的韧性，采收不及时，菇柄下半部容易纤维化。菇体色泽对光线最不敏感，出菇后即使有一定的散射光，也不容易产生黄色或浅褐色的色泽。但是，它的产量不如前两类金针菇的产量高。
在选择菌种时，各生产单位要根据当地的气候条件、生产季节、消费对象等来选择不同类型的生产品种。要因地制宜，以销定产，确定当家品种；也可以把不同类型的品种搭配使用，使制种、栽培、采收、供应的时间搭配更为科学合理。
金针菇的一级种采用常规的PDA培养基。一级种的形态直接影响到二级种的生长和质量，金针菇一级种外观形态的鉴别标准：理想的菌丝形态是健壮、整齐、生长旺盛、粉孢子较少，菌落均匀。在23～25℃的最适培养条件下，10～12天菌丝长满整个斜面。菌丝生长速度偏慢、表面粉孢子过多、生长顶端不整齐的一级种，不宜用来繁育二级种。
金针菇的二级种采用木屑培养基或棉籽壳培养基。它的外观形态鉴别：菌丝粗壮、洁白、整齐，有细粉状菌丝，培养后期培养基表面出现成丛的白色或黄色的子实体，这些为正常菌种。如果菌丝接种后，菌种吃料封面速度很慢，或吃料后菌丝细弱稀疏，褐色分泌物多，粉状分生孢子过多的，为不良菌种。菌丝生长到一定部位，不能往下生长，或出现波浪式生长趋势，菌丝生长区和不生长区分界明显，主要原因是基质过湿或感染上杂菌，应予淘汰。
检验菌种质量的简便方法：把数瓶（袋）菌种拔除塞子，通过出菇试验，观察菇蕾形成出现的温度，以及了实体的产量和质量情况。
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