菜花养分充足，比较耐贮运，贮藏期为1—3个月。
一、品类和采收
应选择结球紧实、七八成熟、品质好的中晚熟品系进行贮藏，如瑞士雪球和荷兰雪球等。这两个品类的花球较大，品质较好，耐贮藏。在采前一周要停止浇水，避免贮藏中花球腐烂。应选择晴天采收，将花球带几片外叶砍下，有利于在运送和贮藏中呵护花球。选择耐贮抗病品系，是提升贮藏成效的重要环节。
二、贮藏特点和条件
菜花的花枝和花蕾短缩聚合而成，它比较耐低温，在高温下花球易失水萎蔫、褐变和腐烂，外叶易变黄脱落。但贮藏中花球也不能受冻，否则煮熟的花球颜色发黑。此外，花球组织脆嫩、呵护组织差，容易失水，在采收运送和贮藏过程中易受机械损害和病菌侵害，使花球出现褐斑、灰黑色的污点和霉斑，甚至腐烂失去食用价值。因此，菜花适宜的贮藏温度为0—10摄氏度，相对湿度为90—95%。在贮藏时期，在此温度条件下，要加以恰当的防腐对策和塑料薄膜包装，减少水分损失。此外，还可应用菜花外叶中的养份向花球转移，使花球继续长大的特性，进行假植藏。
三、贮藏办法
挑选大小适中（直径15cm）、花头上小花紧、干净、无虫眼、不发黄的花球，切去大一些茎，剥去外层叶，留下3—4层外叶，加工后的菜花要准时预冷。
1、机械冷藏 机械冷库能调控贮藏温度，最适合菜花的贮藏。冷藏措施有如下几种：
（1）筐贮法 将挑选好的菜花花球朝上码在筐中，最上层菜花要低于筐沿，将筐堆码于库中，要维持稳定的温度和湿度，每隔20—30天倒筐一次，摘除脱落及靡烂的叶子，并将不宜久存的花球挑出上市。
（2）架藏法 在库内搭菜架，每层铺上塑料薄膜，码上菜花。为了保温，可在菜架四周置上薄膜帐，帐边不封闭。
（3）单花套袋或包膜 用0.015—0.04毫米厚聚乙烯塑料薄膜制成袋子，将预冷后的花球单个装入袋内，折叠袋口，装筐（箱）码垛或直接放菜架上均可。此法既可避免菜花失水，又可防止花球之间的相互摩擦和病菌交差侵染，还能坚持花球的洁白，贮藏期可达2—3个月。如为简单起见，可将地膜裁剪成50 cm见方的单片，从每个花球的正面向下包裹住整个花球即可。
（4）气调贮藏法 菜花装筐码垛后用塑料薄膜封闭，将氧和二氧化碳浓度分别维持在2—5%和0—5%的范围内，帐顶需成弧状，避免凝水滴落到花球上导致霉烂。入贮时喷洒3000ml/L的苯来特或托布津可减轻腐烂，在封闭帐内摆放乙烯汲取剂对外叶有较好的保绿作用，花球也比较洁白。目前对菜花适宜的气调成分结论还不一致，利用者应该堤防，高二氧化碳损伤只有在菜花煮熟后才体现出来。
（5）假植贮藏 在冬天温暖地区，入冬前后可应用棚窖、贮藏沟、阳畦等场所，将尚未成熟的幼小花球带根拔起假植其内。用稻草等物捆绑叶子包住花球，恰当加以覆盖防寒，适期放风，将温度维持在2—3摄氏度，最好菜花能稍稍接受日光，按照需要恰当灌水。鸡蛋大小的花球，假植到春节可长到0 5公斤左右。
除上述贮藏办法外，还可将延晚采收的菜花，带2—3片外叶包裹花球，贮放在冷凉的空房间中，不使受热和受冻，贮至春节前后也有良好成效。
四、防腐处理
菜花贮藏中最常见的病害是交链孢属病菌导致的灰黑色霉斑或褐斑，用1毫升/10千克的仲本胺或用克霉灵熏蒸24小时，都可有用地控制黑斑病的出现。熏蒸应在密闭的库房或塑料帐内进行，不要将药液与花球接触，以免导致药害，也能够在贮藏前向花球喷3000毫升的苯莱特或多菌灵。
