一、温度。马铃薯籽种的贮藏，一般要求较低的温度，10-11月，马铃薯正处在后熟期，呼吸旺盛，这时应以降温散热、通风换气为主，最适温度应在4摄氏度；贮藏中期的12月至第二年2月，正是气温处于严寒低温季节，马铃薯块易受冻害，这一阶段应是防冻保暖，温度应抑制在13摄氏度；贮藏末期3-4月份，气温转暖，窖温升高，籽种开始萌芽，这时应堤防通风，温度应抑制在4摄氏度。
二、湿度。在马铃薯块茎的贮藏时期，坚持窖内适宜的湿度，能够减少自然损耗和有利于块茎坚持新鲜度。因此，当贮藏温度在13摄氏度时，湿度最好抑制在85%-90%之间，湿度变化的安全范围为80%-93%，在这样的湿度范围内，块茎失水不多，不会酿成萎蔫，同时也不会因湿度过大而酿成块茎的腐烂。
三、空气。马铃薯块茎的贮藏窖内，必需保证有流通的清洁空气，以减少窖内的二氧化碳。籽种长期贮藏在二氧化碳较多的窖内，就会加强田间的缺株率和长期植株发育不良，结果引起产量降低。通风又能够调节贮藏窖内的温度和湿度，把外面清洁而新鲜的空气通入窖内，而把同体积的二氧化碳等排出窖外。
四、堆放对策。马铃薯籽种在窖内的堆放措施有堆积黑暗贮藏、薄摊散光贮藏、架藏、箱藏等等。
五、管理办法。马铃薯籽种在入窖前，要将窖内清理干净，用石灰水消毒地表和墙壁。对于籽种要严格选去烂、病和伤种，将泥土清理干净，堆放避光通风处；入窖后用高锰酸钾和甲醛溶液熏蒸消鸩杀菌(每120平方米用500克高锰酸钾兑700克甲醛溶液)，每月熏蒸一次，避免块茎腐烂和病害的蔓延。并且每周用甲酚皂溶液将过道消毒一次，以避免交叉侵害。其它籽种贮藏期，老鼠的为害也不容忽视。此外，还要严格抑制窖温、湿度，坚持通风，下降贮藏时期的自然损耗。
